农村合作医疗，三甲医院作为新农合定点医疗机构是可以报销的。以巴中县为例，新农合在外省三甲医院就医后，其报销费用首先扣减外省三甲医院住院起报点1000元和自费项目，再按住院用药的具体种类（甲类、乙类）分别按规定的比例进行报销。
所需的报销证件为出院证明、结算发票及医药费用清单、本人身份证及银行卡复印件（验证原件）。当年住院治疗费用，于次年3月底前到恩阳区医保局报费大厅申请报销。
扩展资料：
2013年9月11日，国家卫生和计划生育委员会下发《关于做好2013年新型农村合作医疗工作的通知》明确规定；
自2013年起，各级财政对新农合的补助标准从每人每年240元提高到每人每年280元。政策范围内住院费用报销比例提高到75%左右，并全面推开儿童白血病、先天性心脏病、结肠癌、直肠癌等20个病种的重大疾病保障试点工作。
参考资料来源：人民网——新农合在外省就医三甲医院回巴中的报销比例
