土壤中的生物是多种多样的，其中土壤微生物(包括细菌、放线菌、真菌、藻类和原生动物等)是土壤中重要的分解者，在土壤的形成和发展过程中起着重要的作用。在土壤形成的初级阶段，能利用光能的地衣类微生物参与岩石的风化，再在其他微生物的参与下，形成腐殖质使土壤性质发生变化。
土壤动物是最重要的消费者和分解者。在土壤中生存或栖居的动物有上千种，很多为节肢动物。非节肢土壤动物主要有线虫和蚯蚓。线虫是土壤中存在比较丰富的动物，主要生活在土粒周围的水膜中或植物根内。土壤中寄生性线虫寄生于许多植物根部。蚯蚓是土壤中最常见的生物，喜欢湿润的环境和丰富的有机质，常生活在黏质、有机质含量高和酸性不太强的土壤里，有人估计，每公顷土壤所含蚯蚓可达200～1000千克。蚯蚓靠吞食土壤中的有机物质生活，它们使土壤与有机物紧密混合，并通过孔道的形成、粪粒的产生，使土壤更疏松多孔。
土壤动物中很多是节肢动物，重要的有螨类、蜈蚣、马陆、跳虫、白蚁、甲虫及蚂蚁等。以螨类和弹尾目昆虫的种类最多、分布最广。螨类在土壤中粉碎和分解有机物，并把有机物运到较深的土层中，起到维持土壤通气性、改善土壤的作用。弹尾目昆虫俗名跳虫，它们多取食正在分解中的植物。蚂蚁也是土壤中比较活跃的动物之一，虽然它们的食物在地表，对枯枝落叶的分解作用很小，但它们是重要的土壤搅拌者。蚂蚁筑的窝丘，分布广泛，携带了大量下层土壤至地面。在有些地区，蚂蚁用于建筑蚁窝而搬动的土壤估计每英亩可达3400吨。
植物的根系对改良土壤有重要作用，根系表面能分泌代谢产物，促进矿物质溶解，促进根际微生物活动；根残存于土壤中增加有机质含量，增加土壤通透性；有些植物(如豆科)根部与固氮微生物共生，增加土壤氮素水平。
活动于土壤中的动物、扎根于土壤中的植物和土壤中数量众多的微生物对土壤有多方面的作用和影响，归结起来主要有：
(1)促进成土作用。母岩风化的矿化物质并不是土壤，还要加入有机物质，经过生物的作用才能形成土壤，生物对土壤的形成起着关键作用。
(2)改善土壤的物理性能。种植于土壤中的深根植物、挖掘土壤的动物和数量巨大的微生物的活动大大改善了土壤的结构、孔隙度和通气性。土壤动物打的洞疏松了土壤，加速了土壤的风化作用，改善了土壤的水热状况。
(3)提高了土壤质量。经蚯蚓作用的土壤在有效磷、钾、钙含量等多方面都有明显增加。动植物残体经微生物分解和合成含氮的高分子腐殖质化合物，使土壤腐殖质化。
(4)对土壤覆盖层的影响。动物的活动改变了土表的局部形态，如从土层中掘出大量土壤堆积成丘状增加土表面积，排泄物还增加了土壤腐殖质。
知识点
土壤团粒结构
土壤团粒结构中由若干土壤单粒黏结在一起形成团聚体的一种土壤结构。因为单粒间形成小孔隙、团聚体间形成大孔隙，所以与单粒结构相比较，其总孔隙度较大。小孔隙能保持水分，大孔隙则保持通气，团粒结构土壤能保证植物根的良好生长，适于作物栽培。团粒是由多种微生物分泌的多糖醛酸甙、粘粒矿物以及铁、铅的氢氧化物和腐殖质等胶结而成的。总之土壤团粒结构是通过干湿交替、温度变化等物理过程，化学分解和合成等化学过程，高等植物根、土壤动物和菌类的活动等生物过程以及人为耕作等农业措施因素而形成的，其中以人类耕作等农业措施对土壤团粒结构的形成影响最大。
