首先，二者的差别，主要在报考方式上，在职研究生可分为五月同等学力和一月联考，既可以获得单证，又能获得双证，而非在职研究生则只能参加一月联考，获得双证。
在职研究生，是指国家计划内，以在职人员的身份，以半脱产的形式，部分时间在职工作，部分时间在校学习的研究生学历教育的一种类型。在职研究生包含两种，一种是五月同等学力，另一种是非全日制在职研究生（一月联考）。若考生想要尽快取得硕士学位证书，还是建议大家选择同等学力申硕形式，相对而言费用少且考试形式简单，硕士学位证书的含金量也较高。
非在职研究生，是指符合国家研究生招生规定，通过研究生入学考试或者国家承认的其他入学方式，被具有实施研究生教育资格的高等学校或者其他高等教育机构录取，在基本修业年限或者学校规定的修业年限（一般应适当延长基本修业年限）内，在从事其他职业或者社会实践的同时，采取多种方式和灵活实践安排进行非脱产学习的研究生。
其次，二者的学习方式不同，在职研究生主要是利用周末节假日的业余时间来完成学习的不用脱产，在职研究生的授课时间和学习方式都是比较灵活的。而非在职研究生的上课时间都是周一至周五，在职研究生学员需要脱产进行。
最后，取得的证书不同，在职研究生包含非全日制研究生和同等学力申硕。非全日制研究生属于学历教育，毕业后可以获得硕士学位证书和研究生学历证书。同等学力申硕在职研究生不属于学历教育，结业后，满足申硕条件的可继续报名申硕考试，最后通过申硕考试及论文答辩，即可获得学位证书。
在职研究生毕业证书毕业证书上会注明学习方式，因此在职研究生毕业证书上会印有“非全日制”字样。
