1、目标方面
区别：
ISO体系关注质量领域，从维护客户的利益出发来思考问题，防范质量信息欺诈现象的发生；内控规范关注与资产、资金流以及物流直接相关的过程，是从维护股东的利益出发来实施管控，尤其是财务报告数据的真实性和公允性，防范财务信息欺诈的发生。
联系：都为了防范经营风险，都是经营管理体系的重要组成部分。
2、管控要点方面
区别：ISO体系无涉及财务方面的规定，内控规范关注与资金流直接相关的资金管理、筹资投资管理、成本费用等；
联系：ISO体系与内控规范在销售、采购、存货、合同等过程有重叠。毕竟产品损坏既资产问题，也是质量问题。而表面看，内控规范不涉及产品质量过程，但所有生产活动展会跟钱拉上关系，都会在经营活动中预算管理、成本费用上得到体现，并进而传递到资金管理上，从而也是存在着相关性。
三、人力资源方面
区别：ISO体系原则性的提出了能力管理、培训要求、员工激励、员工满意度测量、离职调查分析等等；而内控规范所涉及的规定则更具体全面，涉及人力资源管理的各个方面程的。要求，仅出于防范风险目的的定期轮岗、强制休假、不相容岗位分离、保密控制等均有详细规定，甚至对于企业文化建设都提出具体的要求，尤其是与能力管理无关的道德问题的重视，这也是与ISO体系的较大差别之处。ISO对人员培训有记录要求，内控规范则只做原则规定。
联系：两者都涉及人力资源管理
四、采购方面
区别：采购业务流程是既属于质量控制又属于财务内控，内控规范对其有更细致的其它要求，如事先计划、合同审批、事后付款条件审核、采购不相容岗位规定、定期轮岗等都是ISO所不包含的。
联系：对于供应商的评价选择、合同控制、验收控制则是两者都包含。
五、其它方面：
区别：内控规范对信息技术运用辅助内控提出了明确要求。
