1988年，美国科学院对华学术交流委员会派遣生物学代表团访华，考察10年来中国生物技术的发展情况，参观了中国科学院发育研究所等机构。1989年，由美国国立卫生研究院的Dean H. Hamen博士和美国马里兰大学植物系教授孔宪铎（Shain-dow Kung）将访华报告编辑成了《中国的生物工程》一书。其中，有一节专门介绍发育所的情况。在这一节里，孔宪铎等批评了牛满江在中国所做的多项工作。该书还将美国科学院院士戴维森（Eric H. Davidson）更广泛地批评牛满江的工作的文章《对牛满江RNA转化研究的分析》收为附录。
本年，因长期出不了成果和不愿忍受牛满江的辱骂等原因，牛满江实验室副主任、副研究员薛国雄以及其他4人要求调离。
1990～1991年，牛满江要求发育所支持其状告孔宪铎等，遭中国科学院拒绝
自1990年初以来，牛满江多次给发育所写信，称自己打算上法庭告孔宪铎等，要求得到发育所的支持。考虑这件事在国内外都会造成影响，发育所需要好的国际、国内环境进行安定的研究工作，1991年3月12日，发育所提出，牛本人和美国科学家之间的学术分歧由他们自己解决，发育所不参与。3月25日，中国科学院国际合作局致函发育所，称学术分歧应自己解决，中国科学院不参与其中，这一点应让牛教授了解。
1991年，中国科学院生物局请国内外专家公开评议牛满江的工作，多数专家认为继续支持牛的工作意义不大。于是，中国科学院按程序停止供给牛满江科研经费
1991年6月5日，中国科学院发育研究所给院国际合作局去文，介绍牛满江课题组的情况：1、组内缺乏尊重的气氛。不是中美双方平等合作研究，而是牛满江教授一人为主。因而发生过发表论文不标参加人员名单的现象……某些年轻的科技人员感到，在牛满江教授组工作没有前途，要求调离该组。牛满江教授现已78岁高龄，脾气暴躁，往往听不进不同意见。有时训斥、谩骂组内科技人员，甚至院、所的领导。语言粗鲁，往往不分场合地点，因而刺伤了一些人的自尊心。有的科技人员气愤地说：“为什么我们国家每年花20万，请一位外籍华人来管我们、骂我们”。他组内有的人说：“我们大家伺候他，反而遭到责骂”。目前留在组内人员有的也是表面顺从，而背后怨言牢骚很多。由于种种原因，一位副研究员、一位高级实验师、二位助研、一位技术员已先后离开。牛满江教授曾经招收10名研究生，后来其中4位中途退学……牛满江教授本人曾亲自写信或找所内研究人员谈话，请他们与其合作，但双方未达成协议。发育所曾多次向所内十几位副研以上科技人员征求意见，询问与牛满江教授合作的可能性。除一位副研表示有条件的提供一些技术协助外，其余人员都表示没有余力与其合作。2、与牛先生合作工作过的我所研究人员反映，对待研究工作的数据，牛满江教授有时不够科学和冷静，并且听不进与其配合的科技人员的意见。在国际上，对牛先生的工作也有不同意见……牛满江教授和孔宪铎等人的学术之争，也使得支持和资助发育所的美国洛克菲勒基金会遭到指责。目前，牛满江教授在花费精力，请律师与孔宪铎等人打官司。这件事不仅牵涉发育所，也会影响到科学院……
发育所认为，“现在实际上是牛先生在美国退休后，科学院用院长基金支持他在发育所继续他的研究工作”。他们指出：“随着科研体制和管理方面的改革的深入，各类研究项目的立项和取得支持，都要经过一定的咨询、评议和论证程序，牛先生的课题没有经过同行专家的评议和论证”；他们不好继续用行政方式勉强为牛的课题组挽留研究技术人员；研究所经费非常紧张，无法支付20万元/年的合作费用。
6月25日，中国科学院副院长李振声召集生命科学与生物技术局（以下简称生物局）局长钱迎倩、国际合作局副局长程尔晋、发育所常务副所长马诚等开会专门研究了前述问题。他们很想顺应牛满江课题组内科技人员的意见，不再支持牛满江，但鉴于牛“会哭”，有高层领导人受蒙蔽而说过要支持他的话，未能想出让他离开中国科学院的良方，只是决定将发育所的前述报告报送给国家科委的领导。
邹承鲁教授知道后，建议对牛满江近年来的工作进行公开评议，以决定是否继续经费支持。经中国科学院主管国际合作的副院长胡启恒、主管生物学的副院长李振声和牛满江本人同意，生物局邀请3位国内专家、三位国外专家（分别为Temin、 Jacobson和吴瑞，均为牛本人推荐）对牛满江的工作进行了书面评议。结果是，多数专家认为继续支持牛的工作意义不大。于是，李振声副院长亲自约牛满江谈话，决定按程序停止供给牛满江科研经费。牛满江十分不满，对李振声等大拍桌子。
停科研经费后，院决定由国际合作局每年继续邀请牛满江来中国，科学院负责其食宿交通与医疗等生活和交流费用。
1992年后，牛满江夫妇及其助手在全国许多省市游历并广泛从事经济活动，涉及金额十分巨大。在进行经济活动时，他们动用了中国科学院的名义
1992年6月14日，牛满江夫妇到山东大学威海分校考察，与分校就合作组建、经营牛满江海洋生物工程研究中心事项达成意向。1993年2月13日，山东大学决定成立牛满江海洋生物工程研究中心，设在山东大学威海分校。后来，他们又合作成立了山东大学（威海）牛满江海洋生物工程研究开发有限公司。
1993年10月28日，牛满江为中国食用菌技术开发有限公司（下称“中菌公司”）的产品灵芝孢子粉题词两幅。一幅为“自航灵芝孢子粉，生命科学之光”；另一幅为：“贺自航灵芝孢子粉赴美展览 育天下灵丹，除人间绝症。”牛将上述题词面交该公司法人代表潘自航。1994年，该公司用牛的题词进行宣传。1995年5月，牛满江以使用其题词侵犯其著作权为由，起诉中菌公司，索赔500万元。1997年9月，北京市高级人民法院二审判中菌公司赔偿牛满江30万元。
1994年1月，牛满江等注册成立牛满江基金会，地址设在北京市昌平区王府花园别墅巡礼府15号，“有关部门无偿划给基金会200公亩地”。“主要经营筹集、使用、管理资金，奖励生命科学领域有重大贡献者，促进国际学术交流，开展专业人员培训等。注册资本100万元”。
1999年10月5日，牛满江携带合作项目到深圳参加“中国国际高新技术成果交易会”，得到了xxxxxxxx、xxxxxxxxx等人的会见。
2000年10月，牛满江再次来到深圳高交会。他创立的牛满江基金会与深圳红达公司签署协议，组建内蒙古丰镇绿海有限公司，共投资2.03亿元，分三期进行，首期投资9800万元。同时，牛满江基金会还和深圳罗湖区高新技术创业中心等单位共同投资成立了牛满江生物工程孵化基地。总投资10亿元，首期项目2亿元。
2002年4月9日，“牛满江生物科技园”在青岛高新区举行奠基仪式。这一科技园是由牛满江领导的实验室提供技术支持、香港经纶投资有限公司投资、并与山东安纳科技开发有限公司合作的，总投资5.8亿元。
2004年5月18日，牛满江夫妇到吉林省白城市考察。该市政府与牛满江基金会合作建设“白城高科技玉米城”，其具体项目有赖氨酸、多蛋白转基因玉米、药用玉米等10余项，其中仅药用玉米制药基地的总投资就达9亿元。
2004年12月18日，“牛满江实验室”在河北省、石家庄市和高新区的关注和大力支持下，正式挂牌运营。
2005年11月，河南省省长李玉成接见了牛满江，决定依托河南农业大学组建“牛满江河南生命科学研究院”。2006年上半年，省财政一次性安排800万元支持研究院建设。
2005年11月，牛满江“根据‘外基因理论’而发明的“大豆蛋白玉米和人白蛋白玉米两项专利技术”，以高价转让给了许昌元化生物科技有限公司。2005年11月15日河南《大河报》的相关报道称，牛满江的这两项专利，“经中国科学院有关部门初步评估，价值达30亿元人民币”；“大豆蛋白玉米”项目总投资2.1亿元，年产值可达15.3亿元，实现出口创汇7200万元、利税6.1亿元。
……
据《南方周末》2006年12月7日刊发的“由牛教授身边工作人员提供的文章”《牛满江：执著的追求 卓著的贡献》称，牛满江“在国内被98个学术科研单位或企业聘为名誉教授或顾问”。
牛满江的这些生意所涉及的“成果”包括对癌症、糖尿病、血友病、冠心病、心肌梗塞、高血压、中风等的治疗，“白色污染”的治理，奶牛的改良，大豆蛋白玉米的研制和推广等，都是在他的不为国际科学主流所承认的“外基因理论”的指导下“做”出来的。
在进行这些经济活动时，他们除声称牛满江得到了xxxxxxxxxxxxxxx国家领导人的“充分肯定”外，也动用了中国科学院的名义。譬如，一些广告声称：某药物的“完美新配方”由“国际顶尖科学家”、“世界生物学泰斗”、“中美双院士”、“中美两国科学院院士”、“中国科学院博士研究生导师”牛满江提出，“对心功能不全、冠心病、冠状动脉粥样硬化、心绞痛、胸闷气短等心血管疾病起关键作用”。
2002年，中国科学院受命恢复给予牛满江每年20万元的补贴
据《牛满江：执著的追求 卓著的贡献》记载，“2002年7月，xxxxxxxxxxx会见牛教授夫妇，xx部部长xxx和副部长xx参加了会见。当xxxxxx知道牛教授在华工作住房和实验室费用有时需要动用个人养老金补贴时，非常不安。为此，xx部和中国科学院领导达成共识，从2002年起恢复由中国科学院每年支付牛教授在华工作20万元的补贴费用。”
2006年，中国科学院研究生院受命聘请牛满江为博士生导师
据《牛满江：执著的追求 卓著的贡献》记载，“2006年6月29日，xxxxxxx在北京钓鱼台会见了牛教授及夫人张葆英教授，对国家教育部和中国科学院研究生院为牛教授每年招收2－3名博士生作了安排，目前正在申报成立牛满江博士后流动站。”
2006年8月24日，《南方周末》刊登“邹承鲁与30年前的两起学术腐败事件”，这是国内的大众媒体第一次公开发表批评牛满江的文章。牛满江利用行政力量等给批评者施压
2006年8月24日，《南方周末》刊登署名“石希生”的文章——“邹承鲁与30年前的两起学术腐败事件”（下称“《邹》文”）——探讨如何遏制学术腐败问题，其中涉及对牛满江的批评，对行政干涉学术的批评。
牛 满江让助手傅仲华和原发育所副所长徐一志等出面，给《南方周末》编辑部和《邹》文的执笔人施压。牛、傅、徐等宣称，批评牛就是攻击国家领导人，就是犯了政 治诽谤罪。如果执笔人不就《邹》文向牛道歉，将被公安局直接抓入大牢，在监狱中度过后半生。如果《南方周末》不刊登道歉文章，他们将令其遭到关闭。他们还 称自己得到了中央领导的支持。
尽管邹承鲁院士发布了由他对《邹》文的内容负全责的三点申明（“1、《邹》文是“邹承鲁传记”中的一章，该书作者为“中国科学院生物物理研究所”。2、《邹》文原系邹承鲁的口述，内容完全由口述者邹承鲁负责。3、《邹》文可以坦然面对历史。而牛满江、傅仲华等所讲的与此相关的每一句话都会被记录在案，也将面对历史、科学共同体以及全国乃至全世界的媒体。”），牛满江等人仍坚持要找执笔人的麻烦，除让派出所传讯执笔人外，还于2006年10月27日、2007年9月28日两次上门威胁执笔人。
《南方周末》在压力之下，于2006年12月7日发表署名“郑世厅”的文章——《牛满江：执著的追求 卓著的贡献》——为牛满江作辩护。文前还有“编者按”：“牛满江教授是世界著名的发育生物学家，是国人记忆犹新的爱国科学家。今年8月，本报曾发表一篇涉及牛满江教授的来稿，本版责任编辑未向牛教授方面核实相关内容，给牛教授的名誉带来负面影响，这里谨向牛教授表示诚挚的歉意，并刊发这篇由牛教授身边工作人员提供的文章，敬请读者关注。”但该文未能指出《邹》文具体哪些话语有错。
2006年12月中旬，中国科学院领导开会研究了牛满江的问题，派人告诉派出所，不应越权介入学术争鸣问题。
2007年4月，北京大学生命科学院院长饶毅发表文章评价牛满江及其工作
在2007年4月发表于《科学文化评论》第2期的《邹承鲁：善者好之 不善者恶之》一文中，饶毅教授如此评价牛满江及其工作：“牛满江……研究发育生物学，学术上有一定水平，但是并不突出……他提出的RNA做诱导分子，历史证明是错的。本来也没有关系，只是不应该称为重要成果……我在哈佛时听Gilbert的同事说过，2006年还听另外一个代表团成员说：美国一个代表团在中国访问时，诺贝尔奖得主、哈佛大学教授Walter Gilbert等 对牛所号称的发现提出尖锐的批评。可是很奇怪的是，牛满江不是通过做更多的实验，或让别人做更多的实验，在国际科学期刊来以科学事实进行科学探讨、科学辩 论，而是靠在中国用行政压力、用媒体运作，令人生疑。中国的官员接见多少次、中文的媒体报道多少回，都不能改变科学事实。有这三十多年的时间，牛有经费， 就应该拿出科学事实来。科学史上，不被人马上理解和认可的例子不少，都是靠科学事实来说话。”
2007年11月8日，牛满江教授在北京逝世
中国科学院遗传与发育研究所在牛满江教授病逝后成立了治丧委员会和治丧办公室，发布了讣告
