1933年春，文部大臣鸠山一郎在第64届议会上作出将处分“赤化教授”的公开承诺。泷川事件便开始于此。在此之前的1932年10月，日本发生共产党集体被捕的热海事件。与此同时，九名法官和法院职员也在11月下旬遭受指控。右翼团体借此结成维护国体联合会，指出导致司法官员赤化的原因在于帝国大学法学部教授的赤化，并以此为由发动了驱逐赤化教授的运动。该运动的司令部是政友会干部小川平吉主持的报纸《日本》。
蓑田胸喜，这位过去曾在《原理日本》上一再攻击赤化教授的国士馆教授，将该年11月末起至年末的这段时间在《日本》杂志上连载的论文，于次年的1月汇集成题为《日本全面赤化症状，根绝司法部门丑闻事件祸因的逆缘，昭和维新的正机》的小册子，发送给政界的各个重要人物。小川的女婿，政友会中担任国会议员的宫泽裕收到该小册子之后，于1933年2月1日的众议院预算委员会的会议上要求鸠山文部大臣驱逐赤化教授。尽管宫泽在所提要求中并未举出具体名字，但其所指一目了然，这些赤化教授就是指东京帝国大学法学部教授牧野英一、末弘严太郎、经济学部副教授有泽广巳、京都帝国大学法学部教授泷川幸辰等四人。
其实在此之前，文部当局就已经盯住了泷川教授。前一年的10月28日，泷川教授在中央大学作了题为“从《复活》看托尔斯泰的刑法观”的演讲。司法当局认为该演讲内容侮辱法官、鼓吹无政府主义，因此向文部省作了通报。文部当局在接到宫泽的要求之后，开始积极地针对京都大学展开行动。2月23日，鸠山文部大臣向京都大学校长新城新藏以及已内定为下届校长的小西重直表述了对泷川教授所著的《刑法读本》的不愉快感受。接着的3月10日，文部省学生部长伊东延吉向京都大学法学部部长宫本英雄提出了对泷川刑法学说的指责。议会闭会之后，政府就立即决定对泷川教授作出处分，4月10日，内务省作出禁止发行泷川著作《刑法读本》和《刑法讲义》的命令。同月22日，文部次官粟屋谦正式要求小西校长对泷川作出（免职或停职）处分，5月9日，鸠山文部大臣亲自向小西校长传达了作为内阁决定的处分泷川教授的方针。
法学部教授会认为对泷川所作的处分侵犯了学术研究自由和大学自治，因此于1933年5月10日通过校长提出了抗议。13日，针对文部当局公布的处分理由中认为教授虽然拥有研究自由，但并不拥有讲授自由和发表自由的观点，法学部教授与其在报纸上展开论战。15日，教授会表示如强行实施处分将全体辞职。18日，小西校长正式通告文部省拒绝作出处分。23日，法学部全体16名教授签署辞呈，表示“只要目的不能达成，无论如何都绝不接受挽留”。
1933年5月25日，政府以泷川学说具有马克思主义性质，违反《大学令》规定的大学教授所应承担的“国家思想涵养”义务，向文官高等身份委员会提出咨询。次日，政府在接到同意的咨询结论之后，就立即发出处分命令。接到这一消息后，法学部全体教授以及决定追随其后的副教授团、讲师和助教团向校长递交了辞呈。
在议会上被指存在问题的四名教授中，为什么只有泷川首当其冲地成为处分对象？能够判断出的原因有三点。第一，泷川的刑法学说中的罪刑法定主义与法官依据心证进行量刑的《治安维持法》审判相矛盾；同时，他在京都大学反对军事教练等言行尤其凸显出其自由主义的立场。第二，泷川教授在讲课和讲演时所作表达毫不掩饰，加上多年来京都大学一直被认为是“赤化”的温床，这也容易遭致处分。第三，自泽柳事件以来，京都大学一直被视为大学自治的大本营，文部省认为如能使京都大学就此屈服，就此可以易于掌控大学。
京都大学法学部教授会的抗争不仅完全没有寻求外部的支援，而且与副教授团以及讲师、助教团之间也划清界线，甚至都回避向其他学部和其他大学作出情况说明。这种不怕孤立，拒绝连带的男子汉气概，在战术上也具有正当性。因为在当时，也有声音指责教授总辞职的行为属于罢教行为。如后所见，从其他学部和其他大学冷淡的反应中也可以知晓，如对外开展活动很可能遭致相反效果。进一步而言，教授会自身也并非铁板一块。教授会由三部分人员构成，其中主流派8人，中老年人5人，年轻人3人。主流派之外的教授对于抗争活动并不持积极态度。最终，只有主流派辞职退出了京都大学。如果教授会开展对外活动的话，很可能会更早导致分裂的出现。
与此相反，学生则积极地行动起来，成为反对对泷川作出处分抗议运动的主力。首先，法学部的学生于5月19日排除教授会的制止，召开了有信会（同学会）学生会员大会，作出绝对支持教授会的决议。其后，他们召开各个毕业高中代表会议（高代会），设置了中央部、交涉部、信息部、会计部、庶务部等组织，在学校内外推动运动发展。5月26日对泷川的处分作出之后，抗议运动扩展到所有学部，各个学部也各自设立了与法学部类似的组织。6月6日召开的全体学生大会作出决议：（1）支持法学部教授，誓死捍卫自治和自由；（2）声讨文部行政当局；（3）强烈期待所有学部以及全国的教授团结一致，坚决反对妥协；（4）泷川教授不获复职，抗议斗争绝不停止。为了组织抗议运动，学生建立了全体学生的组织，各个学部学生代表共96人组成了作为议决机关的全学代表会议，另外由各个学部中央部代表14人组成执行机关全学中央部协议会。
学生运动如此快速的展开，正是秉承了自大正[③]末年以来京都大学学生运动的传统。尽管共产青年同盟之外的左翼组织当时已遭破坏，但这些组织的许多活动积极分子仍然留在学校之中。他们在背后承担着抗议活动的策划工作，前台则由自由主义的中间派学生唱主角。学生组织的运作也极其民主性质。大学当局也并不压制运动，而是允许学生自由使用教室。学生在学校内部诉求各个学部的教授会支援法学部的同时，通过高中同学会的路径，对其他大学，尤其是设置有法学部的帝国大学展开活动。不仅如此，他们还采用拜访各个喉舌机关，向父兄寄送信函等方法诉说运动的意义。
尽管学生们热心地投入到运动中去了，但各个学部的教授会则都没有发表一个支持法学部的声明。与向文部省提出抗议的做法相比，校园里压倒性的气氛是希望事态能以稳健的方式终结。京都大学代表性的哲学家西田几多郎认为“不能允许为了一个泷川就毁灭了大学”，这一观点象征着当时的校园内部气氛。
在学生不断上升的怒火中，学生力量强大的经济学部和文学部的学生作出了罢课的举动。但是，该项作战策略却适得其反。由于经济学部和文学部已经分别在1933年5月31日和6月14日停课，学生也陆续返乡，6月中旬三分之二的学生已不在学校。6月16日反对小西解决案（后述）的全体学生大会之后，学生运动已经转向退潮。警察当局对在京都大学内重建的共产青年同盟的拘捕活动也导致了学生的不安。学生方面由此转换方式，停止了在京都的活动，转而在家乡展开宣传启蒙活动，但所取得的成果仅限于福冈和广岛两地。
在学校之外，抗议运动的主要目标是发动东京大学开展斗争。京都大学的学生通过毕业高中等方面的人际关系，获得了东大方面的积极响应，到6月9日为止，法学、经济和文学三个学部成立了高代会。与京都大学不同的是，东大的共青组织仍然健全，其拥有50名基层成员，还每周发行机关报《赤门战士》800多份。4月26日以来，《赤门战士》积极刊登京大事件的报道，共青组织成员也活跃在高代会的前台。在大学当局和警察当局的取缔之中，东京大学的学生运动不断得到发展。6月17日，经济和文学两个学部的学生大会，以及此后于同月21日，法学、经济和文学三个学部联合学生大会，都是以不合法的方式强行召开的。
但是，与京大一样，东大各个学部的教授会则都没有动作。东京大学法学部曾在1905年的户水事件和1914年的泽柳事件中与京都大学站在同一战壕，共同与文部省进行抗争。此时尽管也有年轻教授提出应该以法学部的名义发表意见，但该观点受到了长老教授的阻止。据说其背后的原因在于，法学部出身的东大校长小野冢喜平次与文部大臣鸠山之间缔结了密约，内容为如东大教授不参与抗议运动，则不对东大教授作出如同对泷川那样的处分。是否存在密约姑且不论，但现实中东大各个学部的教授会保持了沉默，议会上被指责存在问题的末弘、牧野和有泽三位教师没有受到任何的处分。
此外，东北大学法文学部也成立高代会，1933年6月15日召开了学生大会，决议抵制上课。但由于多数学生反对此项决议，运动以失败告终。九州大学法文学部在高代会的准备会议阶段活动就已停止。这两所大学的教授会也都始终保持沉默。
波及各个大学的学生运动本身也催生了大学之间的联合组织计划。7月1日，16所大学代表组成在东京组成了维护大学自由联盟（自联）。受此运动的刺激，7月10日，长谷川如是闲、三木清等人牵头组成了拥有作家、评论家、演员、出版商等四百多名会员的学艺自由同盟。《中央公论》、《改造》、《日本评论》、《文艺春秋》等综合杂志大量登载了支援京大的论文。《东京朝日》、《大阪朝日》、《读卖》、《报知》等报纸发表了支持京大的社论，但《东京日日》、《大阪每日》、《时事新报》和《中外商业新报》则对京大提出批判。京都当地的新闻界清一色地对京大表示支持。
在发布泷川停职处分命令的1933年5月28日，京大的小西校长向鸠山文部大臣提交了辞任书。文部大臣对此作了挽留表示，京都大学评议会以及各个学部部长也希望小西校长能继续留任。据此，小西校长于5月29日发表了继续留任直至问题解决的声明。6月8日，300名学生在京都车站声援前往东京的小西校长。6月9日，小西到达文部省开始交涉活动。首先，小西提议文部大臣作出如下的表述：“对于此次事件，文部大臣认为法学部教授所表达之主张妥当，将来在采取措施之时会尊重其主张之精神，准予在《大学令》的范围之内确立研究和教学之自由以及人事进退方面的大学自治”。这段内容是根据法学部的权威佐佐木惣一教授的建议制作，其目的在于让文部大臣承认错误，重新准许大学自治的原则，并考虑泷川将来复职等事项，希望以此控制事态的发展。
针对该项提议，文部省的态度是“对于此次事件，本省将始终坚持不再对泷川问题另行作出处理的原则。因此，对其希望不予受理”。京大方面以解决泷川问题本身为目标，而文部省方面则视为该问题已经解决，接下来只要发布一份抽象的文件作为善后措施即可。两者的立场始终居于根本对立的状态。文部省甚至放出了将不惜关闭京都大学法学部的风声。
1933年6月12日，双方的再次会谈仍因意见对立而告终。正当小西冥思苦想寻找对策之际，在京都的原文部省次官田所美治经与前任京大校长新城英太郎、文学部部长羽田亨协商制作了一份妥协案。小西根据该方案于14日继续与文部省进行交涉。此次交涉的结果是，在京大法学部方面尚不知情时，鸠山文部大臣当夜就正式发布以下内容的解决方案（小西解决案）。
针对校长提出的希望文部大臣能在体察法学部教授所主张的学术研究之精神的基础上，充分考虑确立在法令范围内研究教学之自由以及有关教授进退的大学自治原则的要求，文部大臣就此回答如下：
校长提出的上述有关大学之中的学术研究和教学以及教授进退之要求，应在法令及历来的处理惯例的范围之内予以承认，期待贵校在领会《大学令》第一条的宗旨的基础上，为能够实现大学本来的使命做出更大的努力。
法学部之外的各个学部对此项解决方案表示了较为强烈的支持，但在16日，法学部教授会认为该方案无视法学部的主张，追认对泷川教授的处分，因此依然坚持辞职请求。全校学生大会也表达了对法学部的支持态度。小西校长也在当日表明辞职意向。
在此之后，佐佐木惣一教授向文部省提出妥协案，要求文部省只需表明京都大学校长将来将努力争取使泷川教授复职，文部省今后也会对此予以考虑的内容即可，但文部省没有予以接受。另一方面，京大毕业的贵族院议员木户幸一、大审院法官细野长良等人也试图促成法学部代表进京与鸠山文部大臣会见，但遭到法学部方面的拒绝，双方的对立依然如故。
刚刚在1933年7月6日的校长选举中当选的理学部教授松井元兴（得票数居第二位的是佐佐木惣一）于10日赶赴东京，将法学部15名教授（井上直三郎已于6月28日去世）的辞呈提交文部大臣。但文部大臣仅仅受理了其中五位强硬派教授，即佐佐木惣一、宫本英雄、森口繁治、泷川幸辰、末川博，以及被认为属于柔软派的宫本英脩教授的辞呈，对其余的则作出了驳回决定。这样的处置方式，显然意味着否定大学校长情况呈报（人事情况呈报）权，但松井校长只是原封不动地将辞呈带回京都，接着便开始对剩下的9名教授展开挽留工作。
此时，宫本英雄担忧全体教授的辞职会导致法学部解体，因此向松井校长建议委托法学部具有长老地位的中岛玉吉教授出面处理相关的事项。中岛教授接手后提出了预先准备的妥协案，松井校长据此与文部省展开交涉，1933年7月18日，松井校长从文部省带回了被称之为松井解决案的方案。该方案是先前小西解决案的加强版，其中最为关键之处在于文部大臣明文表示“此次文部当局对泷川教授所作之处分为非常特殊状态中所采取之措施，对于教授进退之处理，文部当局仍循多年先例，在校长的情况呈报书基础上作出。”
宫本英雄的意图在于法学部全体教授协议会承认松井解决案为不得已之方案，将辞任的教授们全部聘为非在职授课教师，使法学部的课堂教学能够得以持续，同时撤回副教授以下教师的辞呈。但是，出乎预料的是，新当选的法学部部长中岛玉吉教授于1933年7月22日召开了只有留任教授参加的教授会。教授会在会后发表声明，指出文部大臣在松井解决案中新加的内容表明对泷川教授所作出的这类处分仅限于此次范围之内，将来不会重新作出，在泷川辞职已经确定的此时，法学部的抗争目的已经达成，因此，全体收回辞呈。但这些教授中，恒藤恭和田村德治两人认为文部省已变得在“非常特殊状态中”无论怎样都可以处分教授了，因此拒绝留任。在这样的情况下，教授阵营的团结就此瓦解，教授中七人离开京都大学，八人留任（宫本英脩教授于当年底回京大复职）。尽管佐佐木和宫本英雄两人竭力劝说副教授以下的教师应该为重建法学部而撤回辞呈，但十八名副教授以下教师中的十三名坚持辞职。这样，法学部三十三名教师中有三分之二的教师离开了京都大学。
声称目的已经达到的法学部新教授会已经不能容忍学生运动继续开展。7月27日，法学部学生大会一发表反对松井案的决议，法学部的中央部就接到解散命令，并不被允许继续使用教室。新闻部部长西田直二郎也发令禁止《京大新闻》刊登泷川事件方面的报道。警察机关也从31日起开始拘捕运动积极分子，至8月2日为止逮捕了“自联”的委员长等十一人。9月份进入新学期后，法学部的中央部就开始兴起辞职教授复职运动，以替代之前采取的罢课运动。但这一运动因理路不通，无论是辞职教授还是留任教授都没有对此表示认同，结果运动无果而终。表示要追从教授而提交了退学申请的少数学生，最终也被挽留下来。9月24日，“自联”因关东支部受到警察拘捕而解体。
除了成为律师的宫本英雄、泷川幸辰和宫本英脩外，从京大辞职的二十一名教师中，十八人于1933年9月18日被立命馆大学聘任。但是，除担任立命馆大学校长的佐佐木惣一教授之外，原京大教授四人退为非在职授课教师，原副教授四人升为教授，其余九人分别被升为副教授或讲师。但是，次年4月，新升任为教授的三人和新升任为副教授的三人又回到京都大学重新担任原来的教职，这是由上面曾提到的细野法官等人发动的“为了母校”的说服工作所取得的成果。
抗议运动没能实现泷川教授复职目的，即未能恢复在人事方面由教授会自治的制度，这意味着该运动的失败。从鸠山文部大臣于第65届议会上的发言内容可以明显地看出，留任教授们对松井解决案做了错误的解释。鸠山文部大臣发言说，“即使没有校长的情况呈报书，最终也可以撤换”违反《大学令》的教授（1934年2月7日，众议院预算委员会）。接着他又进一步说“讲义的内容是否违反了《大学令》，对此可以由作为监督机关的文部省来进行认定”（2月27日，预算委员会）。显而易见，达到目的的确切无疑并非是京都大学法学部，而是文部省。大学自治遭受破坏之后，日本的法西斯势力便着力于对学术自由本身进行破坏，在泷川事件两年之后发生的天皇机关说事件就证明了这一点。
京大方面的失败是不得已的失败。战后有观点认为泷川事件中的京都大学法学部教授团体所采取的方针属于孤立主义性质，过于丧失政治性。这些观点让人有不着边际的感觉。在泷川事件中，政友会当然支持属于本党的鸠山文部大臣，民政党则袖手旁观。东京大学法学部以及其他部门也没有作出支援行动。在这种形势中，哪里存在取得胜利的条件呢？大学的自由与自治是与大学之外普通国民所拥有的自由与自治连为一体的。作为第一次护宪运动的余波所取得的大学自治，早已在满洲事变下的法西斯化中丧失殆尽。当然，理应受到称赞的是自始明知胜利无望却依然勇于挑战的教授和学生所持有的操守和勇气。
战败之后的1945年11月1日，就任京都大学校长的鸟养利三郎向币原内阁的文部大臣前田多门提出请求，要求将京大法学部恢复至对泷川教授作出处分之前的状态。在此之前，盟军司令部（GHQ）已经发布备忘录，指示优先恢复战争时期被驱逐的自由主义和反军国主义教授们的职位。前田文部大臣于11月19日向鸟养校长交付备忘录，承认对泷川教授所作处分的错误，重新确认大学中的研究自由和教授人事自治。伴随这些工作的进展，1946年2月16日，泷川幸辰恢复京大教授教职，并同时就任法学部部长，承担起法学部的重建工作。
