有很大的不同，
1、单位缴纳的叫城镇职工基本医疗保险，每月从个人基本工资中扣除2%打入个人账户（医疗保险卡）单位还给你打入一部分钱（根据每人的基本工资单位给每人的也不同），你的这个医疗保险卡上的钱，可以在药店买药用，也可以在医院看病拿药用。而城镇居民基本医疗保险卡上没有钱。城镇居民基本医疗保险每年交一次费用。
2、住院报销的比例不同，拿2010年来讲，城镇职工基本医疗保险住院扣除自己缴纳的门槛费以后可以报销80%。而城镇居民基本医疗保险住院，扣除自己必须缴纳的门槛费以外，一般可以报销60%。今年城镇职工基本医疗保险住院报销的份额增加到85%，城镇居民基本医疗保险住院报销的份额有没有增加，还没有听到消息。
3、申请大特病（即特殊病种门诊报销）的城镇职工基本医疗保险在门诊看病拿药，每年一个病种可以报销3500—4000元，最多可以申请2个病种。城镇居民基本医疗保险特殊病种门诊报销虽然也可以申请2个病种，但是每个病种做的只能报2000元。
4、还有一些病像：肿瘤、肾透析......等疾病城镇职工基本医疗保险与城镇居民基本医疗保险报销和补助的金额都有很大的区别。
