一、无损伤性检查。CT、X线、核医学等检查，病人都要受到电离辐射的危害，而MRI投入临床20多年来，已证实对人体没有明确损害。孕妇可以进行MRI检查而不能进行CT检查。
二、多种图像类型。CT、X线只有一种图像类型，即X线吸收率成像。而MRI常用的图像类型就有近10种，且理论上有无限多种图像类型。通过对不同类型的图像进行对比，可以更准确地发现病变、确定病变性质。
三、图像对比度高。磁共振图像的软组织对比度启大指要明显高于CT。磁共振的信号来源于氢原子核，人体各处都主要由水、脂肪、蛋白质三种成分的MRI信号强度明显不同，使得MRI图像的对比度非常高，正常组织与异常组织之间对比更显而易见。CT的信号对比来源于X线吸收率，而软组织的X线吸收率都非常接近，所以MRI的软组织对比度要明显高于CT。
四、任意方位断层悄配。由于MRI是逐点、逐行获得数据，所以可以在任意设定的成像断面上获得图像。而CT是通过管球、探测器的旋转扫描获得数据，断层方位是固定的，想获得其它方位的图像只能通过后处理，但后处理图像的质量要明显低于直接扫描获得的原始图像。
五、心血管成像无须造影剂增强。基于MRI特有的时间飞逝去（TOF）和相位对比法（PC）血流成像技术，开发出了磁共振血管造影（MRA）。MRA与传统的血管造影（DSA）相比，有无创伤性（不需要注射造影仿码剂）、费用低、检查方便等优点。且随着MRI技术的不断进步，高场磁共振MRA的图像技师与诊断能力已与DSA非常接近。但对于细小血管分支、微小血管病变的显示，目前只能在1.5T以上的高场磁共振上实现，中低场强的磁共振MRA图像只有一定的参考价值。
六、MRI介入治疗是介入治疗发展的热门方向。传统介入治疗过程中，医生与病人均会受到大剂量的X线照射，对身体造成一定的损害。而MRI检查无电离辐射，且最新的C型超级开放式MRI的开放度要高于CT、与DSA接近，加上MRI成像的高对比度、断层方位随意设定等优点，MRI介入治疗显示出非常光明的前景。
七、代谢、功能成像。MRI的成像原理决定了MRI信号对于组织的化学成分变化极为敏感。目前已要在高场MRI（1.5T以上）系统上开发出了磁共振功能成像(FMRI)、磁共振波谱分析(MRS)，划时代地实现了对于功能性疾病、代谢性疾病的影像诊断，同时也大大提高了对一些疾病的早期诊断能力。
