基本工资是否可以扣除作为考核奖金？

可以的。
根据《劳动法》的规定，用人单位是可以根据自己的生产经营情况选择工资发放方式，但要做到同工同酬，且不能低于当地的最低工资标准。
第四十六条　工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。

工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。

第四十七条　用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。

第四十八条　国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，抱国务院备案。