醉驾免于刑事处罚和不起诉的区别如下：
1、两者的性质不同
醉驾免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人；不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。
2、两者作出判定的机关不同
醉驾免予刑事处罚由法院作出判定，而不起诉决定则由检察院作出判定。
3、两者作出判定的时间不同
免予刑事处罚适用于案件审理阶段，而不起诉适用于审查起诉阶段。
4、两者的处理过程不同
醉驾免予刑事处罚是由于醉驾符合《中华人民共和国刑事诉讼法》中免于起诉的条件，人民检察院作出不起诉；不起诉是检察机关对刑事案件进行审查后，将不具备起诉条件或不适宜提起公诉所作出的不将案件移送法院进行审判而终止诉讼。
参考资料：百度百科—《中华人民共和国刑事诉讼法》
