南大和复旦，无论从层次，还是声誉看，都是同一个档次的高校。但二者优势专业领域不同。所以，考生选择学校时，可以根据所学专业去选择相应优势学校。
南京大学的物理学、天文学、地质学国内学科评估中实力第一，化学、大气科学、外语类、图书情报与档案管理国内第二；环境科学、社会学国内第三；而复旦大学拔尖的学科专业，政治学国内第一，数学、汉语言、基础医学、临床医学、中西医结合国内第二，预防医学、生物学、生态学、新闻传播学、哲学专业国内第三。除此，复旦大学的经济学类相对突出，南京大学的工商管理相对突出；工科方面，计算机科技、软件工程、电子科技、建筑学、城乡规划好于复旦。
