氮和磷是水生生物所必需的营养物质。但由于生活污水、工业废水和化学肥料的流失给水体带来过量的氮和磷，促使藻类等水生生物大量繁殖，造成富营养化。藻类残体腐败时，消耗水中的溶解氧，并放出硫化氢，使鱼类及其他水生动物难以生存，导致生态系统结构改变。生活污水和食品工业废水给水体带来大量有机物，也有类似的危害作用。受有机物污染的水体中，嗜清水生物消失，耐污种类如污水菌类和颤蚓类成为优势种。
重金属污染 汞、镉、铅是主要的重金属污染物，不能被微生物降解，能在整个生态系统中循环为害。例如环境中的汞经微生物转化能形成毒性更大的甲基汞。水中的汞通过直接吸收和食物链而在鱼、贝类机体中浓缩，人类食用这种鱼贝，健康会受到威胁（见水俣病）。鸟类吃了用甲基汞制剂拌过的种子或捕食受汞污染的鱼、贝类也会中毒。如果鸟的肝肾中汞含量超过30ppm即可致死。鸟蛋中甲基汞达0.5～1.5ppm即可影响孵化。汞污染对鸟类群体的保持是一种威胁。
