一、目的不同：
旅游签证的目的是前往日本旅游，商务签证的目的是去工作的。
二、签证有效期不同：
日本旅游签证每次访日停留时间一般为15-90天(单次最长15天，三年多次为30天，五年多次为90天)。
日本商务签证短期停留签证的有效期为三个月，根据申请情况发给停留期间为15天、30天、90天的签证。
三、所需材料不同：
（一）日本旅游签证所需材料：
1、护照。
2、签证申请表（需要粘贴本人照片4.5*4.5）。
3、个人信息处理同意书。
4、户口本等，能确认本人居住地的资料。
5、能确认经济能力的资料：
a、国际信用卡（含银联卡）金卡级别以上能确认该卡有效的资料。
b、在职证明（包括职位，在职期间，工资金额（年收入）等）以及能确认年收入的资料（银行流水（最近六个月）等）。
c、能确认资产形成的资料（退休金证明，房产证明，股票交割单等）。
6、户口本或者亲属关系公证书。
7、大学出具的在学证明书或毕业证书。
8、其它相关资料（要求追加的资料等）。
（二）日本商务签证所需材料：
1、签证申请书（贴付照片，2寸白色背景）（PDF格式）。
2、护照。
3、居住证或暂住证等居住证明（只限于户口不属于当地管辖区域内的申请） 。
4、职业证明（只限于持因私护照的申请者）。
（注：因私护照以外的申请者应在提交照会的同时付上注明申请人所属单位、职务的名单。）
5、所属单位的营业执照或经营许可证复印件（只限于持因私护照的申请者）。
6、户口簿复印件。
7、招聘理由书：
（注）当公司、团体等邀请时，请填写公司、团体名称，并加盖代表者印章或公司印章（不可盖个人印章），申请人为两人以上时，请将其中代表的个人信息填写在招聘理由书上，另外做成一份全体申请人的名单表，与申请材料一起提交。
8、停留日程表。
9、身元保证书：
（注）以业务为目的，且邀请人为日本政府省厅、国家独立行政法人的研究机关的科长级别以上或大学教授或副教授级别以上的人时，可以省略身元保证书，申请人持因公护照也可省略身元保证书。
申请人为两人以上时，请将其中代表的个人信息填写在招聘理由书上，另外做成一份全体申请人的名单表，与申请材料一起提交。但是，此类情况下，招聘理由书里招聘人栏需要填写并加盖印章。
10、邀请机关的资料（国家或地方政府邀请时无需提交，国家独立行政法人的研究机关的科长级别以上的人时需要在职证明书，如果申请人持因公护照，可以省略）。
四、邀请和担保不同
旅游签证是由日方旅行社为你发邀请函并和中方旅行社为你提供担保。
商务签证则是由日本客户为你发邀请函并提供担保。
参考资料来源：日本国驻华大使馆-短期商用等签证的申请手续及所需提交材料
参考资料来源：日本国驻华大使馆-关于旅游签证申请所需资料和签证费等
