这方面国内也没什么特别权威的排名，以下学校仅供参考，链接放多了会被吞就不放了，百度一下就有
北京大学医学部
国家一级重点学科：口腔医学、药学、生物学
国家二级重点学科：免疫学、病理学与病理生理学、内科学（肾病， 心血管病， 血液病）、儿科学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、外科学（骨外，泌尿外）、妇产科学、眼科学、肿瘤学、运动医学、流行病与卫生统计学
国家重点（培育）学科：儿少卫生与妇幼保健学
复旦大学上海医学院
一级国家重点学科 生物学、基础医学、中西医结合。
二级国家重点学科 内科学（心血管病）、内科学（肾病）、内科学（传染病）、儿科学、外科学、肿瘤学、社会医学与卫生事业管理、眼科学、妇产科学、药剂学、神经病学、影像医学与核医学、耳鼻咽喉科学、流行病学与卫生统计学。
上海交通大学医学院
现有国家教育部重点学科(三级学科)16个，即：内科学（含8个）、整形外科学、骨外科学、儿科学、神经病学、口腔临床医学、口腔基础医学、遗传学、病理学与病理生理学
四川大学华西临床医学院/华西医院
学科建设方面，学院在教育部2008年的一级学科整体水平评估中，临床医学排名全国第5，中西医结合排名全国第3。现有国家重点学科9个：包括外科学（普外），外科学（骨科），外科学（胸心外科），内科学（呼吸系病），内科学（消化系病），肿瘤学，影像医学与核医学，妇产科学（华西第二医院），儿科学（华西医院、华西第二医院）；国家重点培育学科2个：包括麻醉学，精神病与心理卫生学。
中山大学中山医学院
“药理学”为国家重点学科
“病原生物学”为国家重点培育学科
浙江大学医学院
国家重点学科4个（内科学（传染病学）、外科学（普外）、肿瘤学、儿科学）
国家重点培育学科3个（眼科学、妇产科学、病理学与病理生理学）
中南大学湘雅医学院
拥有二级国家重点学科9个【病理学与病理生理学、遗传学、药理学、精神病与精神卫生学、神经病学、胸心外科学、内分泌与代谢病学、耳鼻咽喉科学、普通外科学（培育）】
基础医学学科在国务院学位中心2007年至2009年全国学科评估中排名并列第一。临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、神经科学与行为科学4个学科ESI（基本科学指标）排名居全球前1%。在中国科学评价研究中心、中国科教评价网和中国教育质量评价中心共同完成的2014～2015年度2751所中国高等院校及学科专业评价工作中，临床医学专业在中国临床医学类专业大学竞争力排行榜中排名第一。
华中科技大学同济医学院
国家重点学科（10个）：生物物理学、病理学与病理生理学、内科学（心血管病）、内科学（血液病）、内科学（呼吸系病）、外科学（普外）、外科学（泌尿外）、妇产科学、麻醉学、劳动卫生与环境卫生学
国家重点（培育）学科（5个）：内科学（传染病）、影像医学与核医学、少儿卫生与妇幼保健学、中西医结合基础、药理学
据教育部公布的2012年学科评估结果，公共卫生与预防医学排名全国第1，生物医学工程排名第3，公共管理排名第5，基础医学排名第7，临床医学排名第9。临床医学、药理学、生物学和生物化学、神经科学与行为科学、免疫学5个学科进入ESI国际学科排名前1%。
南京大学医学院
普通外科学为国家重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%，是南京大学11个进入全球前1%的学科之一。
还有同济大学医学院、北京协和医科大学、清华大学清华医学院
