存在的问题：
(一)村民自治与行政权的冲突
1、 乡镇政府与村委会关系不顺畅。 现阶段, 我国农村基层政权包括乡镇政权和村民自治组织, 乡镇政府对乡镇以下的村实行村民自治。但是, 改革开放以来, 我国的民主与法制建设尚不完善, 乡镇政府与村委会的关系不能很好的协调。第一种情况是乡镇政府对村委会的过多行政干预。虽然《中华人民共和国村民委员会组织法》明确规定, 乡镇政府与村委会不存在领导与被领导关系, 乡镇政府只能对村委会的工作给予指导、帮助。但是, 实际生活中, 不少乡镇政府把村委会当作自己的下属行政组织, 沿用传统的方式进行管理, 随意干涉村民自治的运行, 甚至超越法律干预村委会选举和人事安排。第二种情况是村民自治过度膨胀。 村民自治越出了法律许可的范围, 对乡镇政府的权威构成了挑战, 干扰了国家正当的政务活动, 抑制了国家权力对农村社会的调控。
2、有些地方村支部与村委会的权力界限模糊不清, 关系失衡。现实中更多地表现为村级党组织在权力冲突中获得优势, 村务的决策权实际掌握在村支书手中,村支部架空了村民自治组织的权利。决策权高度集中于村支书一人。这就使得来自各级党委政府合理或不合理的任务都被强制执行, 村民的意见和利益表达渠道就有可能被阻塞, 极容易导致决策的失误。出现这些现象的原因就是《中华人民共和国村民委员会组织法》没有对二者的关系做出明确规定。
(二)宗族势力干扰村民自治, 家族化倾向严重源远流长的封建宗氏家族观念与现代的国人有着割舍不断的情怀, 建国后实行的城乡分离的管理体制, 又人为地阻碍了人口的流动, 客观上为宗族势力的发展创造了人文条件。村民自治制度实施后, 农村地区又基本上回到集体化以前以村落为中心拥有土地、 山水、 林木资源的状态, 因相邻关系而产生的财产利益纠纷频频发生, 这些都需要强有力的政府加以调解和处理, 然而, 我国基层政权管理体制在社会转轨过程中, 既缺乏系统的法律法规规范,又缺乏物力和手段的配合, 造成很多地方基层政权管理乏力, 宗氏家族势力自然派上用场。
