特殊结构有四种：（1）荚膜：具有抗吞噬及抗消化作用，与致病力有关；（2）鞭毛：为细菌的运动器官，有抗原性；（3）菌毛：有黏附于多种细胞受体的作用，与致病力有关，有抗原性；（4）芽胞：对理化因素抵抗力强，可保护细菌耐受不良环境的影响。此外，还可根据这些特殊结构的有无及其特点，在实践中可用来鉴定细菌。灭菌时，芽胞是否被杀死可作为判定灭菌是否彻底的指标。
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