第一代硝化细菌: 主要由亚硝化单胞菌和硝化杆菌等自养菌组成，生长周期长，其平均代时（即细菌繁殖一代所需要的时间）在10小时以上。产品为液体，杂菌较多，有恶臭味。目前市场上已不常见。
第二代硝化细菌: 实际上是由能降低水体中氨氮的光合细菌组成的，因是自然水体的土著菌种，适应性强，其平均代时（即细菌繁殖一代所需要的时间）在3小时以上。产品为红色液体，杂菌较多，有腥臭味。
第三代硝化细菌：是指由芽孢杆菌纯种发酵后的芽孢休眠体组成的淡乳白色液体，有一定的降氨氮和清水功能，芽孢的萌发需要24小时以上，其平均代时（即细菌繁殖一代所需要的时间）跟大多数异养菌一样，在30分钟左右。产品为淡乳白色液体，无味或有淡腥味，杂菌很少。
第四代硝化细菌：是指由芽孢杆菌和乳酸菌混合发酵后冷冻干燥的粉剂，也称EM菌，白色的是精制品，菌含量较高，杂质少，棕褐色为直接干燥的产物，含有培养基等杂质，菌含量相对较低，有一些产品复合了酶制剂。产品为粉剂（或胶囊）和片剂，无杂菌，无味或淡腥味。
第五代硝化细菌，也称产酶硝化细菌，是由产酶异养硝化菌、产酶芽孢杆菌、好氧反硝化菌、乳酸菌、放线菌等分别发酵，经微胶囊化工艺进行包被后冷冻干燥的粉剂经科学配比而成的。微胶囊技术包被过的菌种活力强，保质期长，可以抵抗低浓度药物和自来水中氯的损伤。其平均代时（即细菌繁殖一代所需要的时间）在25分钟左右。产品有白色粉剂（或胶囊）和片剂，无杂菌，无味或淡甜味，可食用。
