家栖的和野生的鼠类是最为重要的疾病宿主，其分布与密度受到自然灾害的明显影响。
大多数与疾病有关的鼠类，在地下穴居生活，它们的泅水能力并不十分强。因而，当较大规模的水灾发生时，会使鼠类的数量减少；然而，部分鼠类可能利用漂浮物逃生，集中到灾民居住的地势较高的地点，从而在局部地区形成异常的高密度。在这种条件下，由于人与鼠类间的接触异常密切，便有可能造成疾病的流行。
由于鼠类的繁殖能力极强，在被洪水破坏的村庄和农田中通常遗留下可为鼠类利用的丰富食物，因而在洪水退后，鼠类密度可能会迅速回升，在其后一段时间内，会出现极高的种群密度，从而促使鼠类间疾病流行，并危及人类。
干旱可能使一些湖沼地区干涸，成为杂草丛生的低地。这种地区为野生鼠类提供了优越的生活环境，使其数量迅猛增长。曾有报道说这种条件引起了人群流行性出血热的流行。
地震等自然灾害造成大量的房屋破坏，一些原来鼠类不易侵入的房屋被损坏，废墟中遗留下大量的食物使得家栖的鼠类获得了大量繁殖的条件。当灾后重建开始，居民陆续迁回原有的住房时，鼠患可能成为重大问题，由家鼠传播的疾病的发病率也将上升。
