ERP系统与内部控制整合的要点有:
1、业务流程规范。ERP系统的成功应用离不开业务流程规范。ERP系统侧重在合理的业务流程基础上实现对企业资源的整合和有效利用，各模块之间有着密切的关系，数据在系统内实时传递和共享，数据的处理责任、方式和流向都会较ERP系统实施之前发生重大变化，企业原有的业务流程不再适应新的管理思想和管理模式，因此，只有通过业务流程规范，建立基于ERP系统标准流程上的、符合内控要求的新流程，才有可能上线ERP系统。
2、权限管理规范。权限管理是ERP系统内部控制的重中之重，如何权限管理不到位,造成授权不当,企业运营的风险也大大提高,这种风险主要包括两个方面：一是让更多原本没有必要了解这些信息的员工可随时掌握这些信息,大大增加了泄密的可能性；二是原本没有必要操作或加工这些信息的员工拥有了这些权利，增加了管理失控的可能。
3、信息系统控制规范。ERP系统作为集成的大型信息系统，系统外围物理安全和系统本身逻辑安全均对企业内部控制带来风险，为此，必须建立相应的信息系统总体控制和信息系统应用控制，确保系统的总体安全。信息系统总体控制适用于企业在信息技术的开发、实施、运行、维护及管理等方面的控制，它可以更好地保护企业的信息资产,可以提高信息系统对业务的支撑力度，增强企业信息系统的运行效力。信息系统应用控制包括应用软件中的电算化步骤以及用以控制不同种类交易处理的相关手工操作程序。这些控制结合在一起，可以保证系统中的财务和其他信息的安全性、完整性、准确性和有效性。信息系统总体控制是应用系统控制的基础，应用系统控制依赖于信息系统总体控制，两者共同保证信息处理的完整性和准确性。
4、加强内控监督。ERP系统环境下，内部控制体系的程序化使得内部控制在一定程度上具有了对ERP系统的依赖性，虽然在ERP项目建设过程中，内控体系针对ERP系统对现有内控体系的影响因素，进行了业务流程规范、加强了信息系统控制和权限控制，但企业真正上线ERP系统后，规范的流程在实际业务中是否可以良好的运行，设计的关键控制是否可以得到正确的执行，权限互斥和冗余权限是否可以得到控制，都需要在ERP系统上线后，开展专项测试，强化内控监督，确保内部控制体系设计有效，执行有力。
