两者并不冲突，行政单位会计制度并没有作废。
行政单位会计制度自2014年1月1日起施行，该《制度》分总则、会计信息质量要求、资产、负债、净资产、收入、支出、会计科目、财务报表、附则10章46条。
行政单位接下来仍按照《行政单位会计制度》的要求进行会计核算。《政府基本会计准则》只是一个纲要性的文件，对政府的相关会计核算工作，做一个原则性的规定，一个大方向的确定。
政府会计准则对行政单位的意义：
1、有助于行政事业单位对各项经济业务或事项进行全面、规范地会计处理，不断提升单位会计信息质量；
2、有助于单位贯彻落实国家各项预算管理要求，规范收支行为，夯实预算管理的基础，建立健全预算管理制度；
3、有助于单位严格落实有关国有资产管理的规定，全面、真实反映增量和存量资产的状况，夯实单位资产管理的基础，完善控制国有资产流失的管理制度，提高单位国有资产管理的绩效；
4、有助于单位严格落实有关财务管理规定，增强公共管理意识，实现资金、资产和资源的科学合理配置，防范和化解财务风险，促进单位持续健康发展；
5、有助于科学评价单位耗费公共资源、成本边际等情况，建立并有效实施预算绩效评价制度，提升单位绩效评价的科学性。
6、将显著提升单位财务透明度。
