西南战争是倒幕运动的尾声，也是日本资产阶级革命余波。随着倒幕派中大资产阶级、贵族与幕府封建地主阶级的妥协，天皇迁都幕府势力的江户。资本主义势力最强大的西南诸藩与东迁的中央政权矛盾也开始加剧，围绕如何建立日该国体，军事制度的对立使大批萨摩、长州、土佐等西南藩官员辞职，西乡隆盛领导的下级士族起义代表了小生产者、小资产阶级的利益，他们与资产阶级的民权派、激进派关系密切。也是主张发展资本主义，反对大地主和大资产阶级，有浓厚的民族主义情绪。西南战争失败后，由天皇操纵、主导政权的封建军国主义国家建立，标志着日本资本主义革命的结束。
从军事角度来说，首先这场战争是国民军队的胜利，它检验了明治军事改革的成果，证明了建设“四民皆兵”的国民军队的正确性和意义。不过萨军基层由于接受过正规严格的近代西方式军事训练，而且的确富有勇气，是相当善战的。这场战争与其说是士族军队的失败，还不如说是士族的失败。通过这场战争证明，士族作为旧的历史时代产物，已经过时了。
其次，这场战争对于日本的军事近代化也具有重大意义。主要表现在通过这场战争，以六大镇台为核心的政府军得到了有效锻炼，其所进行的海上机动，迂回敌后等行动，体现了较高的战役指挥能力。而在单兵作战和小分队作战上，萨军则高出一筹，其勇敢善战，敢于以小股兵力实行果断的行动，都给政府军好好地上了一课。经过此战，日军将以上两点结合起来，并加以侵略扩张的野心，对东亚各国构成了严重威胁。另外，日本军方通过此战也认识到，旧幕府时代造成了兵器规格杂乱所带来的种种问题，开始着手统一装备，简化后勤，并开始兵器国产化进程，著名的日本步枪之祖——村田式步枪就是此战催生的。
第三，萨军的失败除了最主要的人力、物力不济外，指挥低劣也有一大重要问题，尤其在开战之初，指导方针的严重错误非常致命。其过于重视一城一地的得失，在熊本城下浪费了太多时间。若能按西乡小兵卫所言，在政府军来到之前占领长崎、小仓、福冈等港口，就将严重地限制政府军向九州投送兵力的能力。
