加格达奇，鄂伦春语意为樟子松生长的地方。中华人民共和国成立前，该地区未正式设立，只有少数俄罗斯族人和鄂伦春族猎民游猎，经常出现在此地。中华人民共和国成立之后，该地区地权隶属于内蒙古自治区的鄂伦春自治旗。
1953年开始，国家相关部门在这里进行森林调查和勘察。
1960年7月，成立加格达奇林业局，同年11月，设置加格达奇镇。
1964年2月，开发大兴安岭的工作开始，统称为林区会战，指挥部就设在加格达奇镇。
1964年10月，加格达奇镇党政机关及其所属部门全部交给会战指挥部，加格达奇镇与鄂伦春自治旗的隶属关系脱钩。
1965年3月，加格达奇镇被并入松岭林业公司，并撤销了镇的机构建制。这就形成了政企合一的特殊行政规划。
1966年4月20日，由于开发森林资源，支援国家建设，国务院在黑龙江省与内蒙古自治区协调的基础上，以国内字115号文件批准将鄂伦春自治旗东北部在原属地不变的原则下划入大兴安岭特区。
1967年末，重新组建加格达奇镇。1970年2月，经国务院批准，加格达奇镇改称加格达奇区。设为大兴安岭特区首府，大兴安岭特区行政公署所在地。
1970年4月1日大兴安岭特区改为大兴安岭地区。原属呼伦贝尔盟的莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗，全建制划归大兴安岭地区管辖。
1979年5月30日，莫力达瓦达斡尔族自治旗和鄂伦春自治旗划归内蒙古自治区管辖。原属鄂伦春族自治旗的加格达奇区、松岭区仍由大兴安岭地区管辖，但原属地权不变。
1979年7月1日，中共中央、国务院《关于恢复内蒙古自治区原行政区划的通知》（中发〈1979〉42号）又明确：松、加两区仍归黑龙江省管理，原属地权不变。
1986年1月29日，国务院批准加格达奇区为县级区建制。
2004年11月25日，呼伦贝尔市政府向内蒙古自治区政府上报了《关于松岭加格达奇两地实行属地管理的请示》（呼政发〈2004〉96号）。强烈要求收回松、加两地。该市认为，大兴安岭林业开发的实质意义随着”天然林保护工程“的实施已不存在，为促进该区经济社会整体发展，请求自治区帮助该市收回松、加地区管理权。
（注：由于加格达奇区和松岭区在地理上属于呼伦贝尔市鄂伦春自治旗，为此黑龙江省政府每年要支付一定的费用给内蒙古自治区政府，加格达奇作为地区公署驻地，已经具备了一个地级市的规模，在经济实力和城市规模建设上远远超过了它地权上隶属的鄂伦春自治旗的县城规模。基于各种原因，呼伦贝尔市和鄂伦春自治旗纷纷要求内蒙古自治区政府能够协调黑龙江省政府，收回加格达奇和松岭两地，呼伦贝尔市政府、人大、政协多年来多次向上级要求收回两地，但两地作为历史遗留问题，同时涉及林区问题，又涉及国家林业局，成为短期内无法解决，只能维持现状的棘手问题。）
