在股票期权制中，个人取得的是将来购买股份的权利，这个权利赋予被授予人将来既可以选择放弃购买，也可以在未来购买股票的权利，当然决定个人行权与否的关键是行权时股票的市价是否高于当初的行权价，因此个人在行权前是没有收益，也不用征税。
根据财税[2005]35号文件的规定，员工在接受实施股票期权计划企业授予的股票期权时，除另有规定外，一般不作为应税所得，也就是说在接受股票期权时不产生纳税义务，也不用纳税。但如果员工在行权日前转让其股票期权的，则此时产生收入，其股票期权转让净收入为就纳税所得额，按照个人工次薪金所得征税，征税时间其股票期权转让之月。如果员工到期选择行权，则行权时股票的市价肯定是要高于起初的行权价，即以行权价买入该公司股票，此时由于市场价高于行权价，有收益产生，对于此部分收益按工资薪金所得项目征税，征税时间为其股票期权的行权日所属之月。对于行权后员工转让其行权所获得的股票，即在二级市场转让股票，此时有收益，但对于此部分境内收益暂时免征所得税。如果行权后继续持有，持有期间所获得的股利应该缴纳个人所得税，纳税时间为公司派发股利之月。
对于非上市公司，由于非上市公司股票没有可参考的市场价格，因此其股票期权行权时股票的市场价格则很难确定，为此国家税务总局针对阿里巴巴雇员非上市公司股票期权所得个人所得税专门作出了一个批复，即国税函〔2007〕1030号。根据此规定，公司在给予员工股票期权时如果存在实际或约定的交易价格，则行权时股票的市场价格按当时约定的交易价格确定，约定的交易价格与行权价的差额为应纳税所得额；如果市场上存在与该非上市公司股票具有可比性的相同或类似股票的实际交易价格，则行权时股票的市场价格可参照该股票价格确定来计算应纳税所得额；如果上述两种情况都不存在，则行权时股票的市场价格可以暂按其境外非上市母公司上一年度经中介机构审计的会计报告中每股净资产的价格来确定，依此计算应纳税所得额。
