公司停止营业，不会自动注销的。
根据《个体工商户条例》
第十二条 个体工商户不再从事经营活动的，应当到登记机关办理注销登记。
第十四条 登记机关将未按照规定履行年度报告义务的个体工商户载入经营异常名录，并在企业信用信息公示系统上向社会公示。
此外，每年公司年检期限在3-6月。如果在规定时间内未参加年检，在年检截止日期前未申报年检，属于公司的，依照《公司登记管理条例》第六十八条的规定，处以1万元以上10万元以下的罚款；
根据《公司登记管理条例》
第六十八条 公司登记事项发生变更时，未依照本条例规定办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以1万元以上10万元以下的罚款。其中，变更经营范围涉及法律、行政法规或者国务院决定规定须经批准的项目而未取得批准，擅自从事相关经营活动，情节严重的，吊销营业执照。
扩展资料：
根据《公司登记管理条例》
第六十七条 公司成立后无正当理由超过6个月未开业的，或者开业后自行停业连续6个月以上的，可以由公司登记机关吊销营业执照。
第四十一条 公司解散，依法应当清算的，清算组应当自成立之日起10日内将清算组成员、清算组负责人名单向公司登记机关备案。
第四十二条 有下列情形之一的，公司清算组应当自公司清算结束之日起30日内向原公司登记机关申请注销登记：
（一）公司被依法宣告破产；
（二）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现，但公司通过修改公司章程而存续的除外；
（三）股东会、股东大会决议解散或者一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会决议解散；
（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；
（五）人民法院依法予以解散；
（六）法律、行政法规规定的其他解散情形。
参考资料来源：百度百科——《个体工商户条例》
