甲状腺次全切除手术，即将甲状腺组织大部分切除，是治疗甲亢效果最好的方法之一，手术引起并发症不多见，尤其在医疗水平较高的医院进行手术则更为少见。因此，需要做手术治疗的病人不必为之过分担心。主要的并发症有以下几种。
(1)出血：在手术过程中如果止血不充分可以引起出血，如果补救措施及时可以止住出血。术后如果发现突然呼吸困难及颈部明显肿胀应立即报告医生，如果是出血须立即处理。
(2)喉返神经麻痹：喉返神经离甲状腺很近，如果手术将其损伤，可造成喉返神经麻痹，单侧损伤，可引起说话声音改变，两侧损伤可引起呼吸困难，重者可发生窒息。
(3)喉上神经麻痹：如果手术将其损伤也可引起说话声音变调。
(4)低血钙抽搐：当误将甲状腺背面的甲状旁腺(长在甲状腺背侧，一般为4个)切除，则可引起低血钙抽搐，表现手足特征性抽搐。
(5)甲状腺功能减退：少数病人术后出现甲状腺功能减退。发生甲状腺功能减退的原因有两种可能性。其一是甲状腺组织切除过多。留下的甲状腺组织不能分泌足够的甲状腺激素；其二为伴有慢性淋巴性甲状腺炎，这种病人体内有破坏甲状腺组织的抗体，虽然甲状腺组织切除得并不过多，也可以发生甲状腺功能减退。
