农村面源污染实际上既包括点源部分也有面源成分。
所说的点源部分实际上包括生活污水泼洒和生活垃圾堆放问题两部分。
我国农村地区污水处理基础设施很不完善，生活污水随意泼洒的现象非常普遍，生活垃圾堆放也具有很大的随意性，在降水冲刷的条件下随地表径流汇入河道，成为面源污染的源头。针对这部分问题，需要的更多的资金投入和公众教育，一方面加强分散式源头生活污水处理设施的建设，采取切实可行的，易于被农民接受的技术方法。另一方面，规范生活垃圾的堆放和填埋技术，避免垃圾渗滤液和溢流液对环境造成的二次污染。
面源部分的污染更为复杂，但是从源头考虑比重最大的是养殖场和耕地污染。
养殖场所导致的面源污染主要来自家禽粪便，针对这一部分污染已经有很多研究，包括沼气发电、归田处理等等，但是还要从根本上控制养殖规模，合理评价粪便给周边水体带来的影响，做到污染可控（例如多少家禽产生多少粪便，周边田地能够容纳的粪肥施用量等等）。我国规模化养殖对这方面做出的努力还十分有限。
田地化肥施用是另一大重要污染源，我国由于人口众多，土地有限，良田比重更少，为了解决日益增多的人口压力，粮食要保证足够的产能。但是随着耕地被开发为商业用地，更高的亩产规模成为了解决问题的主要方法（当然还有转基因）。更高的亩产规模意味着更多的化肥施用量。因此科学规范化学使用量，合理控制，减少化肥流失是当务之急。
如果指定一个农村面源污染控制的路线图，应包括——重点污染源区的识别（CSA）——源头控制措施——中途截留阻滞——末端技术防控。
重点源区识别指的就是识别对区域流失风险最大的地区进行重点防控，一般来说重点源区N、P的排放量能够占到流域总量的50%以上，而面积仅仅占到了流域的20%以下，因此，重点区域优先控制既符合经济利益又符合技术规程。重点源区的识别方法众多，既可以采取简便易行清单法（分析污染物排放放量，流失系数等，估算流失量）也可以采取较为复杂的模型分析法，后者要求数据较多，但是已经是欧美地区主要采用的方法，模型如SWAT,AGNPS等。
源头控制，就是从污染物释放源进行拦截，减少外排量，BMP措施中对这些方法做了详细阐述，包括合理施肥，瓦管排水，蹬高耕种，条状种植等等。
中途控制，就是指在面源污染汇聚过程中采取措施，包括生态沟技术，缓冲带技术等等，但是从成本来说，要高于源头调控。
末端控制是对污染物入河之前进行必要控制，包括生态驳岸，前置湿地等等。这部分措是受纳水体的最后屏障，但成本会进一步提高。
综上来说，农村面源污染控制是一个系统的工程，而不是简简单单技术手段能够实现的。
