《食品安全法》第三十三条对企业认证后的认证质量责任问题及处理作出了非常明确的规定：
“对通过良好生产规范、危害分析与关键控制点体系认证的食品生产经营企业，认证机构应当依法实施跟踪调查；对不再符合认证要求的企业，应当依法撤销认证，及时向有关质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门通报，并向社会公布。”
该法第七十五条规定：
“调查食品安全事故，除了查明事故单位的责任，还应当查明负有监督管理和认证职责的监督管理部门、认证机构的工作人员失职、渎职情况。”
由此可见，本着“谁发证谁负责”的原则，食品企业认证质量问题是由认证机构完全负责，并且承担相应的法律责任，质监部门对食品企业的监管应按照《食品安全法》和相关法律法规及总局、省局食品监管部门的规定履行职责，而不应超越法律，盲目替代认证机构本应承担的工作职责和责任。
