飞鸟时代
中国的“阴阳五行”思想于六世纪由中国传入日本，并逐渐发展成“阴阳道”。当时的日本统治者为推动国家统治的变革，不但接受了“阴阳五行”思想，还将其称为“新知”加以利用。大和朝廷成立后，从朝鲜的百济国来的五经博士（汉的高安茂）带来了《易经》。《易经》作为阴阳术的基本文献就这样被传到了日本。
中国的五经当时被视为是「珍贵的国外科学与技术」；而善于运用「阴阳道」的人，乃是推古王朝的圣德太子。根据《日本书纪》记载，推古天皇十年（西元六○二年）「百济僧侣观勒来此」、「历本、天文地理书、遁甲方术书也一并带来」。圣德太子懂得汲取这些外来学说的养分，并且运用在政治层面开启了阴阳道的历史。因为阴阳道不仅可以观天象，知历法，还可以进行占卜，上至国运昌隆、天皇适任与否？下至庶民之事，都可以运用阴阳的知识来解释。
钦明天皇十五年，从百济又来了易经博士施德、王道良，历法博士周德、王保孙。于是渐渐的易经和历法就在日本发展起来了。著名的政治家圣德太子、大海人皇子、藤原仲麻吕、吉备真备等都曾运用阴阳道的一些理论来解释日本的历史。
后来，对于阴阳道几近狂热的天武天皇，非常了解阴阳道的利用价值为避免被反政府势力所用，于是成立了「阴阳寮」（类似古代的国子监、今日的中央研究院）让阴阳道成为律法制度的一部份，并且严令禁止一般百姓拥有《河图》、《洛书》、《太乙》等阴阳道的专门典籍，目的就是想要让阴阳道成为国家的独占工具。谁控制了「阴阳寮」就等于握有诠释一切的能力。
阴阳寮设长官“阴阳头”一人，阴阳博士、天文博士、历法博士各一人，漏刻博士两人及阴阳师六人。其主要职责是负责天文、历法的制订，并判断祥瑞灾异，勘定地相、风水，举行祭仪等，可支配人员计有89名。阴阳道至此成为律法制度的一部分，谁控制了“阴阳寮”就等于握有诠释一切的能力。阴阳道成了天皇的御用之学。
阴阳师奈良时代
奈良时期，天皇决定以阴阳道作为统治人民的手段之一，将其相关的技术与人才收编国家管理，并近距离监视其发展。一般百姓严禁拥有《河图》、《洛书》、《太乙》等阴阳道的专门典籍，阴阳道成为国家的独占工具。阴阳师开始以国家专属的占术师身份出现，在整个平安时代，他们达到了发展的巅峰。
平安时代
平安时代日本与中国有非常紧密的交往，在日本儒学得到推崇，同时佛教得到发展。891年废止遣唐使之后，发展了日本独自的国风文化。这是一个民智未开的时代，有好几成人仍然对妖魔鬼怪的存在深信不疑。在这样的时代，人也好鬼怪也好，都屏息共居十京城的暗处，甚至在同一屋檐下。
而从平安时代开始，结合日本原有的咒禁道、神道教所发展出来的阴阳道，成为日本文化中的独特元素，与阴阳术一直由民间主导的中国不同，日本是由朝廷掌控，民间阴阳师并不是主流。在十世纪，日本阴阳道界存在安倍家和贺贸家两大流派，不仅对天文立法的制定握有主导权，而且具有一定的政治影响力，甚至作为皇室和贵族的生活咨询顾问。进入武士政权以后，阴阳师转为替武士服务。从此，安倍家改名为土御门家，而贺贸家改名为堪解由小路家。
镰仓时代
镰仓时代，随着武家势力的急速上升和朝廷势力的衰落，许多原来为朝廷贵族工作的阴阳师开始流入民间，并且很快的与其他宗教结合，形成面向大众的新阴阳道，这种“平民化的阴阳道”一直流传到今日，现在的一些日本民俗仍保持着古时阴阳道的一些仪式或做法。
阴阳师战国时代
日本战国时代，皇权没落，武士阶级治世，阴阳师逐渐从历史舞台消失。不过，各地大名身边军师的前身大部分仍是阴阳师。战国大名们都很在意占卦，武将手中的军扇，就是咒术的一种。军扇两面各画有日、月，万一碰到不得不出战的凶日，便在白天把军扇的月亮面显现在表面，让日夜颠倒，以便将凶日化为吉日。阴阳师们虽然官阶并不高，但却多受权臣贵族的仰仗，其地位远远凌驾于一般官员和武士之上。
阴阳师江户时代
德川家康开设江户幕府的时候，五行兴替的思想再次被般出来。阴阳道才再次走近政治的中心。安倍家直系后裔土御门家再次兴旺，嗣子断绝的贺茂家也凭借的支流幸德井家再兴。但是两家竞争日益白热化，到了江户时代中期，土御门神道终于彻底击败了幸德井家取得了全日本阴阳师的支配权。
阴阳师明治时代
明治维新后，出于政治的需要，阴阳道被冠以“淫祠邪教”被明治政府废止，部分内容被以民间信仰的名义残存下来，神道教正式与阴阳道决裂。
