如果员工工资低于缴费下限，公司可以按照社保规定的最低标准作为缴纳基数。
社保缴费基数是社会平均工资的60%--300%为缴纳基数，比如社会平均工资是1000元，缴纳的基数可以是600元--3000元。
社保缴纳基数计算方法：一般以上一年度本人工资收入为缴费基数。
(1)职工工资收入高于当地上年度职工平均工资300%的，以当地上年度职工平均工资的300%为缴费基数;
(2)职工工资收入低于当地上一年职工平均工资60%的，以当地上一年职工平均工资的60%为缴费基数;
(3)职工工资在300%—60%之间的，按实申报。职工工资收入无法确定时，其缴费基数按当地劳动行政部门公布的当地上一年职工平均工资为缴费工资确定。每年社保都会在固定的时间(3月或者7月，各地不同)核定基数，根据职工上年度的月平均工资申报新的基数，需要准备工资表这些证明。
扩展资料：
我国《社会保险法》规定——
“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免”；
“用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款”。
如果低于当地在岗职工月平均工资的60%，则以当地在岗职工月平均工资的60%作为缴费基数，如果超过当地职工月平均工资的300%，则以当地职工月平均工资的300%作为缴费基数。用人单位没有如实申报社保缴纳基数，属于违法行为。
参考资料：百度百科 中华人民共和国社会保险法
