本会设有办公室、专家评审部、项目开发部、国际交流合作部、继续教育部、编辑信息部等内设部门；迄今为止，已有经卫生部、民政部审定获准登记注册成立的胃病、脑健康、亚健康、中医肿瘤防治、骨科疾病防治、中老年保健、肝胆疾病、免疫性疾病、心血管疾病管理、医用生物材料、医疗环保、国际合作推广专业委员会，专家工作及医疗法律服务委员会，及东北办事处等15个分支（代表）机构。
分支机构
中国医疗保健国际交流促进会科普分会是中国医疗保健国际交流促进会的合法分支机构，从属国家卫生部、并在民政部进行登记注册，也是普及医学科学知识的学术性、公益性、非营利性社团。中国医疗保健国际交流促进会科普分会的成立旨在向广大群众传播健康的科普理念，权威的医学科学知识。
在中国医疗保健国际交流促进会科普分会成立之际，韩德民院士以及12位两院院士联名签署了“‘倡导健康科普，助力健康中国’——两院院士推进全民健康科普教育行动倡议”书。当12位两院院士携手将“倡导健康科普，助力健康中国”的水晶球点亮后，“倡导健康科普，助力健康中国”全民健康科普教育行动正式开启。
