国家税务总局局内设有下列14个司级行政职能部门：1办公厅。2政策法规司。3货物和劳务税司。4所得税司。5财产和行为税司。6国际税务司（港澳台办公室）。7收入规划核算司。8纳税服务司。9征管和科技发展司。10大企业税收管理司。11稽查局。12财务管理司。13督察内审司。14人事司。
此外，国家税务总局设有离退休干部办公室，直属事业单位设有教育中心、机关服务中心、电子税务管理中心、集中采购中心、税收科学研究所、注册税务师管理中心、中国税务杂志社、中国税务报社和扬州税务干部进修学院，中国税务出版社由国家税务总局主管、主办。中共中央纪律检查委员会在国家税务总局派驻纪律检查组，监察部在国家税务总局派驻监察局，两个机构合署办公。
