扣除工资不合理。另外，谁告诉你有雇工的个体工商户与雇工直接不是劳动关系？
《劳动法》第二条规定：“在中华人民共和国境内的企业、个体经济组织（以下统称用人单位）和与之形成劳动关系的劳动者，适用本法。”
《劳动合同法》第二条 中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，适用范围：1．劳动法第二条中的“个体经济组织”是指一般雇工在七人以下的个体工商户。2．中国境内的企业、个体经济组织与劳动者之间，只要形成劳动关系，即劳动者事实上已成为企业、个体经济组织的成员，并为其提供有偿劳动，适用劳动法。
另外，《劳动法》规定了每天工作不得超过8小时，每周工作不超过44小时，月平均工作天数不超过21.75天。按照你所说有30天未工作，平均到每个月你也工作24天，所以扣工资肯定是不行的。
