牡丹和其它花卉相同，有必要进行整枝修剪作业，以坚持株形漂亮，坚持地上有些和地下有些器官成长平衡。
一整枝:牡丹为丛生状灌木，供欣赏定植的牡丹，每株留5-8个分枝，除掉纤细的冗长枝。留下的枝条要散布均匀，高矮适度。如所留枝条部位不当令，也应除掉，选留根颈处的土芽(分蘖芽)，培育成枝。供繁衍用的植株，可彻底保存其悉数土芽和枝条，愈繁密愈好，以分株培育枝干。
二除芽:除芽能够坚持枝条匀称，开花茂盛，规整共同，操控花朵的多少和根部成长的强弱。植物名实图考一书记载:"种牡丹者，必剔其嫩芽，则精脉聚于老干，故有芍药打头，牡丹修脚之谚。"牡丹的花芽成长在顶芽或顶芽下的第一个侧芽。因而，牡丹除芽主要是保存顶芽，除掉土芽和选留出来的枝条上无用芽。为了坚持株形，还要去除过高枝条的顶芽，留其侧芽令其开花;顶芽发育不健全者，应留下发育较好的侧芽。
除芽时刻，通常在每年的春分与清明之间，过早，土芽没有出土，在土壤内，对根部营养还能起输导效果;过迟，牡丹冗枝成长旺盛，耗费了营养，按捺了枝条的正常成长。牡丹第一年培养后不进行除芽作业，留下一切的枝条和芽子，听之任之成长。第二年春季，土芽伸长5-150px时开端除芽，选出健壮的或散布均匀的枝条或土芽5-8个，其他的芽子用刀或用手悉数铲除净。
牡丹嫁接后两年内，最佳不让其开花，春季发现有花蕾时及早除掉。特别采根供药用的牡丹应如此。由于开一次花，要耗费很多的营养，影响植株根部成长，有的植株则出现晚年状况。
