新版的电子往来港澳通行证是于2014年9月15日开始正式使用。同时,仍在有效期内的旧版本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式往来港澳签注,也可以申请换发电子往来港澳通行证。
-安全性-为确保持证人指纹信息安全，内地和港澳地区主管部门均建立了严密的管理制度，并采用多种技术保护措施，芯片中存储的持证人指纹模板信息无法被还原为原始指纹图像，只能用作判别人证同一性的依据。
-便利性-成人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
-防伪性-新版港澳通行证是参照国际标准设计制作的卡式证件，内嵌非接触式芯片，存储持证人资料及证件、签注签发等管理信息，采用成熟的数字安全防伪保护，印制过程中使用多项物理防伪技术，防伪能力明显增强。
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