1、色彩区别。
油性马克笔较水性笔更鲜亮，但就色彩的融合性来讲，水性笔更胜一筹。马克笔色彩更加丰富，表现力强。
2、用途区别。
马克笔的颜料具有易挥发性，用于一次性的快速绘图。常使用于设计物品、广告标语、海报绘制或其他美术创作等场合。可画出变化不大的、较粗的线条。
水彩笔，一种绘画工具。水彩笔是儿童常用的绘画工具，一般是12色、24色、36色一盒装卖，笔头一般是圆的，两色在一起不好调和，一般适合画儿童画，也可以用作记号笔。
3、对纸张的伤害
水彩笔在同一个地方上多了，不仅纸会皱，而且还会破，需要用吸水性比一般纸高的水彩纸绘画。
一般多数使用的油性马克笔快干、耐水、而且耐光性相当好，颜色多次叠加不会伤纸，柔和。
4、笔头的区别
彩色水笔结构中包括塑料笔壳，笔壳内为空腔，笔壳内填充有海绵，在笔壳的一端是塑料笔头和尼龙材料作成的笔舌，笔舌与笔头卡紧配合，笔舌为长条形，笔舌顶为圆弧顶，笔壳尾端设有封堵。
马克笔有两种笔头：纤维型笔头的笔触硬朗、犀利，色彩均匀，高档笔头设计为多面，随着
笔头的转动能画出不同宽度的笔触。发泡型笔头较纤维型笔头更宽，笔触柔和，色彩饱满，画出的色彩有颗粒状的质感。
5、马克笔分水性和油性2种，而水彩笔只有1种水性。
马克笔分为油性马克笔、酒精性马克笔、水性马克笔。油性马克笔快干、耐水、而且耐光性相当好，颜色多次叠加不会伤纸，柔和。酒精性马克笔可在任何光滑表面书写 ，速干、防水、环保。水性马克笔则是颜色亮丽有透明感，但多次叠加颜色后会变灰，而且容易损伤纸面。
参考资料来源：百度百科-马克笔
