金门连长神秘“失踪”
林毅夫身材高大健壮，平素爱打篮球，且技术超群。按照当时盛传的说法，1979年5月16日傍晚时分，林毅夫“假传演习命令”，下达宵禁令，由连传令兵通知沿海岗哨，不准驻防马山播音站的官兵在夜晚点名后走出营房；若发现有人下海游泳，严禁开枪射杀，以让游泳者顺利泅水“叛逃”对岸；即使听到枪声，也不准一探究竟。其实，那个“游泳者”不是别人，正是下达宵禁令的林毅夫。
林毅夫失踪的那天晚上，金门全岛鸡犬不宁，所有驻军出动，连夜展开全岛水陆两域地毯式搜索。为防“叛逃”泄露军机，连队当即修订了作战计划，两天后展开了全岛东西守备部队互换防区的大规模演习。
社会上一直传说，林毅夫是抱着两只篮球游过海峡的。这个传说，在2008年3月7日的林毅夫夫妇的新闻发布会上，被证实是谣言。陈云英（林毅夫妻子）在发布会上透露，林毅夫是个游泳健将，至今仍可以连续游2000米。“没有人能抱着篮球游过台湾海峡，不信你抱抱看！”林毅夫这时插进来说，“尤其是两个篮球。”在场记者全被夫妇二人逗笑了。
师从大师舒尔茨
投奔大陆不久，林毅夫便进入北京大学经济系学习政治经济专业。对于林毅夫的“弃暗投明”，当初许多人并不了解。林毅夫最初想上的是中国人民大学，可是，校方以其“来历不明”将之拒之门外。在北大，林毅夫以其既谙熟西方经济学理论、英语口语又非常流畅的优势，很快即在同学中脱颖而出。
1980年，刚刚对外开放的大陆迎来了一位尊贵的客人——1979年诺贝尔经济学奖得主、芝加哥大学荣誉教授西奥多·舒尔茨。舒尔茨自然不会放弃到中国的最高学府北京大学宣讲他的经济学理论的机会。当时，北大为找一个翻译颇费了一番心思，林毅夫荣幸地成为给舒尔茨做翻译的惟一人选。这个意外的机会，为他打开了通往世界经济学最高殿堂的大门。
