合同工和人事代理在本质上不好比较，因为按照现在的人事代理制度，实行人事代理就必须签订聘用合同和人事档案托管合同，因此，人事代理是事业单位实行聘用制度后的有编制的“合同工”。不过你说的合同工和人事代理的差别应该是指临时工和正式工作人员的差别：因此，本人而言，主要差别在一下一些方面：
1、工资待遇方面：除档案工资一样外，奖金、福利和一些津贴都会没有，如果有也有可能只是很少的意思一下而已；
2、在转正方面，合同工要向正式工作人员转变，必须参加招聘考试。如果考上了，就会没有差别，因为即使是临时工，只要实行了人事代理，工龄也会计算，转正定级和工资手续也会继续执行。
3、还有在工作中的地位的差别，正式工是享受权力，而临时工只会让参与一些事务性工作，没有机会有灰色收入来源。
仅是个人见解，仅供参考。顺便介绍一下人事代理：
人事代理是指各级政府人事行政部门所属的人才流动服务机构依据国家有关人事政策法规，接受用人单位或个人委托，对其人事业务实行集中、规范、统一的社会化管理和系列服务的一种人事管理方式。 人事代理的当事人为代理方和委托方，一般是县级以上政府人事行政部门所属的人才流动服务机构；委托方为需要人事代理服务的各类企业、事业单位和个人。
简单点说，对个人而言，代理方可以提供如下服务：
（1）为委托方管理人事关系、人事档案。
办理专业技术人员专业技术职务任职资格的申报工作；
办理大中专毕业生见习期满后的转正定级手续，调整档案工资；
报考研究生、婚姻登记和独生子女手续等与人事档案有关的证明材料。
（2）为国家承认学历的大中专毕业生提供人事代理服务，从签订人事代理合同之日起按有关规定承认身份，申报职称，计算工龄，确定档案工资，办理流动手续。
（3）为委托方接转党团组织关系，建立流动人员党团组织，开展组织活动。
（4）为委托方代办失业、养老等社会保险业务。
