巴厘岛地处赤道，气候炎热而潮湿，是典型的热带雨林气候。在低处，平均温度在21℃和33℃之间，但山区温度可以低至5℃。湿度根据地区及季节不同而异，总体而言很高，平均湿度约在60%-100%之间。一般而言，印度尼西亚可分为两个季节：东南季风带来干燥天气（干季），西北季风带来丰沛的雨水（雨季）。雨季从11月持续到3月，1月至2月是雨季的最高峰，每天下雨好几个小时，特别是在巴厘岛中心的小山上。这时期下雨是可以预期的，然而总会间以阳光出现雨水稍停的时候。下雨之前，空气中充满湿黏的闷热感；雨后则立刻让人感觉清凉舒畅。
3月的雨季结束后就进入了巴厘岛旅游天气的干季，巴厘岛的干季一般是从每年的4月-10月期间，是在巴厘岛山区或者在保护区内参观游览的最佳季节。巴厘岛的山区山清水秀，万花丛生，树木高大挺拔。其实，整个岛上以山地为主，东边地势高于西边地势，此外还有几座火山阿贡火山的巴厘峰是巴厘岛的制高点
巴厘岛旅游天气最好的时间是每年的5月-9月。因为3月之前是巴厘岛的雨季，对出行和游玩都非常不便。而4月份是巴厘岛最热的一个月，5月份之后巴厘岛的气候会受到来自南半球的澳大利亚的冷空气的影响，温度也会降到一个令人感觉很舒适的区间，但这个时间也是巴厘岛的旅游旺季
每年7-9月是前往巴厘岛的游客最多的时间，这时恰逢中国、日本和美国以及欧洲的暑假。澳大利亚人通常都在每年的12月到1月间前往巴厘岛度假。除了这些外国游客，印尼当地人也非常乐于印尼本国的节假日期间前往巴厘岛度假游玩。巴厘岛本身的居民很少，在除了这几个月的旅游淡季的时候，巴厘岛更加清净，是享受碧海蓝天不错的去处。
