一、含义不同
1、公租房全称公共租赁住房，是指政府投资或政府提供政策支持的其他投资主体，通过限定户型面积、供应对象和租金标准，面向无房的大学毕业生、引进人才和其他住房困难群体出租的住房。是解决新就业职工等夹心层群体住房困难的一个产品。公租房不是归个人所有，而是由政府或公共机构所有，用低于市场价或者承租者承受起的价格，向新就业职工出租。
2、廉租房是指政府以租金补贴或实物配租的方式，向符合城镇居民最低生活保障标准且住房困难的家庭提供社会保障性质的住房。廉租房的分配形式以租金补贴为主，实物配租和租金减免为辅。
二、申请条件不同
公租房申请条件
1、申请人在本地无住房或者住房面积低于规定标准;
2、申请人的收入、财产低于规定标准;
3、申请人为外来务工人员的，在本地稳定就业达到规定年限。各地住房保障主管部门可根据本地区实际情况，就申请条件进行调整，报本级人民政府批准后实施并向社会公布。
廉租房申请条件
1、具有市区常住户口，且家庭成员中至少有1人取得本市常住户口3年以上;申请实物配租的家庭，其家庭成员中至少有1人取得本市常住户口6年以上。家庭成员如有户口迁入的，迁入必须2年以上;
2、持有民政部门发放的《城镇居民最低生活保障金领取证》或者家庭人均月收入低于我市城市居民最低生活保障标准2倍的低收入家庭认定证明;可达到廉租房申请条件。
3、无自有住房，或者人均住房建筑面积低于16平方米。
三、表现形式不同
廉租房一般有两种表现形式，一是由政府出资建好后，低租金给住房困难户，二是由政府发放租金补贴给住房困难户，由他们租赁社会房屋居住。
公租房一般是政府出资建房，低租金租给租户。在租赁5年期满后，符合条件的承租人可以按以综合造价为基准确定的价格购买。购买后可以继承、抵押，不得出租、转让、赠予等市场交易。因特殊原因需转让的，由政府以购房价加利息回购，再作为公租房流转使用。
四、申请对象不同
1、廉租房的申请对象主要是针对本市城镇低收入，住房困难家庭。分配对象主要是低保户和一些特定保障对象
2、公租房的申请对象不受区域和户籍限制。公租房的租赁对象是中低收入阶层，也就是所谓“夹心阶层”，大都是是不受区域限制的。公租房现主要是针对中低收入住房困难家庭等群体出租的住房，已取得廉租房、经适房、两限房资格的家庭无须再次申请，符合廉租房、经适房、两限房申请条件及家庭中有60岁(含)以上老人、患大病人员、残疾人员、复转军人、优抚对象或重点工程拆迁的优先配租。
五、收入限制标准不同
主城区申请廉租住房的收入限制标准为家庭人均月收入低于450元;
申请公租房的收入限制标准为：单身人士月收入不高于2000元,家庭月收入不高于3000元。
六、交纳的租金不同
廉租房月租金标准约为0.8-1.2元/平方米。
公租房的租金标准按照贷款利息、维护费等因素确定,不超过同类地段、同等品质房屋租金的60%,并动态调整。
七、其他区别：
廉租房实行集收入困难和居住困难为一体的双困准入机制。
公租房只租不售，实行有限期租赁，租赁总年限不超过5年。
公租房的投资主体是政府，但也欢迎各类企业和其他机构投资和经营公租房。
