1954年2月7日，重庆市五区（现南岸区）人民政府（公函），分别以区建发（54）字第214号、215号文给市建设局、市城委会，“同意将我区汪山、黄山界内所有森林、暨单株树木、公有花园，全部由市建设局经营管理。”为此，市建设局于本年专门设置了汪山风景林管理站。
1957年4月15日，重庆市建设局、中国人民解放军总后勤部物质保障处第三预备学校、汪山风景林管理站等负责人会议决定，将汪山军区内所有花木交给市建设局汪山风景林管理站统一管理。
1958年10月26日，重庆市城建局以（58）办字第176号文“关于完成公园苗圃、道路养护及市政零星工程一般建筑管理已移交给各区接管的报告”中指出：“汪山风景林管理站交由南岸区城建科管理，市建设局主要进行业务指导和审查基本建设规划。”
1959年2月21日，重庆市人民委员会召集农业局、城建局、南岸区委、区人委有关单位负责同志到汪山、黄山检查，为了加强风景区的培植和管理，市人委于1959年4月25日以会基（59）字第485号《通知》，提出了六条意见，决定在南岸区人委直接领导下，成立风景区园林管理委员会，下设园林管理所，确定风景区范围暂以汪山、黄山地区为限；风景区名称，改为“南山公园”。
1959年9月6日，正式命名为南山公园并设立“重庆市南山公园管理所”，59年10月1日，南山公园正式向游人开放。
1960年3月23日，市城建局以（60）办字68号文决定，南山公园等十二个单位划归市园林局管理。本年7月1日，南山公园正式交由市园林局管理。
1980年2月21日，南山风景区管理委员会成立。渝委发（80）14号通知，由市建委、南岸区委、市城建局、市环保局、市园林管理处等十一个单位负责人组成，高群任主任。
1980年4月23日，中共重庆市建委（1980）84、85号文、南山公园更名为“南山风景区”，同意成立“重庆市南山风景区管理处，”视为县团级，隶属于市园林局管理；同时，建立了中共重庆市南山风景区总支委员会。本年5月20日，市人民政府（80）35号文批转了南山风景区保护工作的意见。
1989年四川省人民政府批准南山、南泉风景区为省级风景名胜区。
1998年7月16日，重庆市机构编制委员会渝编（1998）34号文“同意重庆市南山风景区管理处更名为重庆市南山公园管理处”，更名后，其机构规格、人员编制、经费渠道不变。
1998年12月24日，重庆市机构编制委员会渝编（1998）96号文“同意在南山公园管理处增挂重庆植物园牌子，主要履行对植物种群的搜集、保护、科研和引种繁育等职责”。
2004年2月20日，重庆市编委以渝编办（2004）49号文“同意重庆市南山公园管理处（挂重庆植物园牌子）更名为重庆市南山植物园管理处”，重庆市南山植物园管理处的宗旨和主要职责任务：提供休闲场所、丰富人民群众文化生活、收集植物种质资源、进行物种保存、栽培、管理。
2005—2007年南岸区仍提出理顺南山管理体制、打造大南山、实施绿色工程为由，又想把南山植物园下放南岸区统一管理，并通过创建国家级重点公园维系现有的管理体制。
