刺身最常用的材料是鱼，多数是海鱼。常见的是金枪鱼、鲑鱼（三文鱼）、鲷鱼、比目鱼、鲣鱼、多春鱼、鰤鱼、鲹鱼、鲈鱼、鲻鱼，等等；也有鲤鱼、鲫鱼等淡水鱼。
在古代，鲤鱼则是刺身的上品。还有一些特殊的海产，如章鱼、鱿鱼、墨鱼、鲸鱼也是常见的材料。鲸鱼可以片成较厚的鱼片，但章鱼、鱿鱼和墨鱼却不能片成鱼片，而是利用这些鱼自身的体形切成不算太薄的鱼块，当然也可以算成鱼片。
除了鱼片，还有整鱼，一些长不大的微型鱼，如果生吃、活吃的话，也就是一种美味的刺身。鱼肉之外，还有生鱼子，也可以成为刺身。至于香港人食用的生鱼翅，在日本人看来也是一种刺身。
日本料理一般春吃北极贝、象拔蚌、海胆（春至夏初）；夏吃鱿鱼、鲡鱼、池鱼、鲣鱼、池鱼王、剑鱼（夏末秋初）、三文鱼（夏至冬初）；秋吃花鲢（秋及冬季）、鲣鱼；冬吃八爪鱼、赤贝、带子、甜虾、鲡鱼、章红鱼、油甘鱼、金枪鱼、剑鱼（有些鱼我们国家还没有）。
