外地办的港澳通行证可以在别的城市签注。
港澳通行证办理，只对于初次申请办理是要求到户籍所在地进行办理的，对于非初次办理以及港澳通行证到期换证、丢失补办以及签注办理是可以异地办理的，公民只需要提供本人有效的身份证原件，在异地居住办理的居住证，本人港澳通行证原件就可以异地办理签注。
异地（省内和跨省皆可）续签覆盖的地区是广东、贵州、广西、福建、重庆、河南、安徽、黑龙江全省（区），以及青海、四川、湖北、辽宁的部分城市。不过目前户籍为福建和贵州的用户，暂时只能在本省城市和广东的城市之间异地办理，其他地区用户可以在上述任意城市之间实现异地续签。
参考资料：http://news.xinhuanet.com/local/2017-02/22/c_129490373.htm
