一、适用法规、规章不同
再融资新政主要限制的是非公开发行股份，所谓非公开发行股票，是指上市公司采用非公开方式，向特定对象发行股票的行为。适用的是《上市公司证券发行管理办法》、《上市公司非公开发行股票实施细则》等规定。
而上市公司重大资产重组则是适用2016年9月已经修订完毕的《重大资产重组管理办法》（简称99重组新政）。
二、审核部门不同
根据规定，再融资也就是非公开发行股份募集资金是由证监会发行审核委员会审核。
而重大资产重组是由证监会在发行审核委员会中设立上市公司并购重组审核委员会审核。
三、再融资锁价方式不适用于重大资产重组
本次修订的再融资规定里，明确定价基准日只能为本次非公开发行股票发行期的首日。而我认为重组的定价方式却不在此范围内，原因如下:
1.99重组新政第二条就讲了两者的联系和区别:“上市公司发行股份购买资产应当符合本办法的规定。
上市公司按照经中国证券监督管理委员会（以下简称中国证监会）核准的发行证券文件披露的募集资金用途，使用募集资金购买资产、对外投资的行为，不适用本办法。”
由此可以看出，以权益互换的方式收购资产和使用募集资金购买资产的行为完全是两种不同的情形，适用的规定条款和程序完全不同，切不可混为一谈。
2.99重组新政明确了不构成重组上市的发行股份购买资产可以配套融资。
该办法第四十四条:“上市公司发行股份购买资产的，除属于本办法第十三条第一款规定的交易情形外，可以同时募集部分配套资金，其定价方式按照现行相关规定办理。”只是根据用于补流和还贷有限制，6 月17 日公布的《配套募资问答》表明，非借壳重组配套融资所募资金仅可用于：支付现金对价等并购整合费用、投入标的资产在建项目建设。
3.99重组新政也单独规定了发行股份购买资产的定价原则。99重组新政第四十五条:“上市公司发行股份的价格不得低于市场参考价的90%。市场参考价为本次发行股份购买资产的董事会决议公告日前20个交易日、60个交易日或者120个交易日的公司股票交易均价之一。本次发行股份购买资产的董事会决议应当说明市场参考价的选择依据。”第五十条:“换股吸收合并涉及上市公司的，上市公司的股份定价及发行按照本章规定执行。”
四、借壳（重组上市）行为不在再融资范围
借壳上市其实是发行股份购买资产的特殊形式，因为触发了上市公司控制权的变更，所以审核更加严格，但是在99重组新政出台的时候，已经将取消了借壳（重组上市）的配套融资，根本就不可能融资，所以借壳的情形实质上也不会涉及再融资新规的限制。很多人要问了，借壳也好，发行股份购买资产也罢，不都是要非公开发行股份吗，为啥不受再融资新政的影响，这其实就回到了第一个问题讨论的范畴，两种行为的政策目的不一样，重大资产重组侧重的是鼓励上市公司进行同业的兼并重组，做大做强主业的目的，而再融资则侧重于上市公司的融资管理，正因为这样，两者适用的是两套完全不同的法规体系，施行程序也是相互独立，连审核部门都不同就可见一斑了。
