绩效工资分配应坚持"按劳分配、效率优绩效工资制度先、兼顾公平"的原则，严格程序，强化监督。
总量控制
事业单位的绩效工资总量由当地规范的津补贴和上年度十二月份基本工资及保留的活工资组成，同级政府人事部门和财政部门核定后下达到单位，各单位只能在核定的总量内，按规范的分配程序和要求进行分配。
分配程序
一是制定分配方案。分配方案涉及到每个工作人员的切身利益，必须广泛征求工作人员意见，尽量做到公平合理。在制定方案时，要将工作目标、考核办法及各岗位职责等进行细化和量化，并提到职代会上反复讨论、修订，确保方案的科学性和可操作性;要突出"责、权、利"相结合的原则，制定完善的考核细则;要层层签订责任书，将责任落实到人。此外，方案的制定必须考虑离退休人员的利益，离退休人员应参照机关离退休人员的标准执行。二是严格考核。方案顺利实施的关键是加强内部考核，抓好责任追究，公平兑现奖惩;要成立考核领导小组进行严格考核;要及时公开考核制度、考核办法、考绩效工资制度
核结果、运作程序等;要按月对工作绩效进行评价打分，兑现绩效工资;要认真分析考核方案中的合理性和可操作性，方案有缺陷的要及时讨论修正。另外，还要做好工作人员的思想工作和解释工作，从思想上进行疏导，化解局部矛盾，保证绩效考核的正常运行。
监督检查
一是规范审批程序。各单位实行绩效工资，方案必须经职代会通过后，由行业主管部门审批，报人事财政部门备案。人事、财政部门根据当地经济发展和总体工资水平核定单位的绩效工资总量，最后根据考核情况予以公示和兑现个人的绩效工资。二是纪检、组织、人事、财政、审计部门要加强检查、审核、监督力度，对违纪违规现象及时纠正。三是通过公开举报电话、设立意见箱和意见簿、聘请社会监督员等形式接受社会监督，并经常召开座谈会，听取单位工作人员的意见和建议，以便及时修改方案中不合理成份的地方，保证事业单位绩效工资分配的公平合理。
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