货物运输增值税专用发票一般纳税人只能开11%的，如果是小规模纳税人，则需要到税局代开，征收率为3%
从事物流行业的企业，除货物运输业务外，还可以有辅助服务，该项业务税率为6%，但开出的发票不是货物运输专用发票，而是常见的增值税专用发票。
运输发票票面金额除以1+11%后的值，再乘以11%计算出运输发票税额。
所以，计算时用公式：票面金额/（1+11%）*11%计算出税额。
如果是小规模纳税人，则按3%征收率计算，计算方式原理同一般纳税人。小规模纳税人与一般纳税人在发票上的主要区别是，其货物运输业增值税专用发票不能自己开具，需要到税局申请代开。
国家税务总局《关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告》2016年99号文规定，货物运输业增值税专用发票最迟只能使用到2016年6月30日，之后一般纳税人提供货物运输服务，需要使用增值税专用发票和增值税普通发票，并明确规定了开具时候应该将起运地、到达地、车种车号及运输信息等内容填写在发票备注栏中，如果内容较多可另附清单。
扩展资料
运输发票税额：对增值税一般纳税人外购货物或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（代垫运费除外），根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依10%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。
扣除率：10%；不得计算项：装卸费、保险费等其他杂费；除外项：代垫运费。
抵扣类型：
1、运输单位提供运输劳务自行开具的运输业统一发票；
2、由“自开票纳税人”开具的运输业统一发票；所谓的“自开票纳税人，是指符合规定条件，向主管地税局申请领购并自行开具货物运输业发票的纳税人。”
3、由“代开票纳税人”开具的运输业统一发票；所谓的“代开票纳税人，是指除自开票纳税人以外的需由代开票单位代开货物运输业发票的单位和个人。”是指主管地税局。
以上所称代开票单位是指主管地税局。经省级地税局批准也可以委托中介机构代开货物运输业发票。
4、运输单位主管地方税务局及省地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票（包括地方税务局代开部份）准予抵扣；
5、被认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输发票也准予计算抵扣进项税额。《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发〔2003〕121号）
6、其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。
参考资料来源：
