发明人携带申请登记表、申报知识产权保护申请表、保密审查证明、减缓证明表、交底材料前往先进技术研究院审查备案。
材料通过审查，发明人前往某大学专利中心或代理机构专利中心进行专利申请，缴存费用。
专利代理人与发明人联系，商讨确定要求保护的技术范围、修改专利申请文件并定稿;代理机构向国防专利局递交专利申请并取得专利申请号。
专利授权后，代理机构通知发明人领取受理通知书、授权书和证书原件。由于国防专利需要保密，然而保密并不意味着所有人都不知道，保密是限于一定范围，只限一定人知悉。国防专利机构会出版《国防专利内部通报》，这属于国家秘密文件，其知悉范围由国防专利机构确定。
发明人将专利证书原件上交先进技术研究院，由先进技术研究院上报学校统一存档，专利申请费及授权当年的年费由科发院或企业与代理机构结算。
