2018年8月23日，经广东省人民政府批复同意，港珠澳大桥收费站车辆通行费收费标准确定为：小型客车(私家车、出租车)150元/车次，大型客车(过境巴士)200元/车次，穿梭巴士300元/车次，普通货车60元/车次，货柜车115元/车次，收费标准以人民币结算。
2017年12月，广东发改委就曾开展港珠澳大桥车辆通行收费标准听证会，对比当时的两个听证方案，最终正式公布的收费方案主要是降低了穿梭巴士的通行费，由原来的450元/车次降至300元/车次，这也大大降低了来往游客的消费标准。
据悉，港珠澳大桥主桥仅在珠海设1个收费站，该收费站包括20条收费通道。内地ETC和香港快易通可在桥上自动扣费。现金缴费需使用人民币，非现金结算以人民币计价。同时，民众还可使用银行卡、支付宝、微信等方式付款，收费标准以人民币为基准，港澳两地按照扣费时的汇率实时换算。据悉，大桥收费主要用于大桥建设的银行还贷、大桥养护和管理人员的开支，后期还可能降低收费。
