截至2018年5月，南通市辖3个区（崇川、港闸、通州）、1个县（如东）、2个开发区（南通经济技术开发区、南通滨海园区）、1个功能区（苏通科技产业园），代管4个县级市（启东、如皋、海门、海安）。
1、如东县，隶属于江苏省南通市，南与通州区为邻，位于江苏省东南部、长江三角洲北翼，西与如皋市接壤，2019年7月，被列为国家知识产权强县工程示范县（区）。
2、启东市，是由江苏省南通市代管的一个县级市，地处万里长江入海口北侧，是出江入海的重要门户，也是江苏日出最早的地方。
3、如皋市，江苏省县级市，由南通市代管，是省级历史文化名城。地处长江三角洲北翼，与苏州市隔江相望。
4、海门市，江苏省南通市代管的县级市，位于江苏省东南部，东濒黄海，南倚长江，与上海隔江相望，素有“江海门户”之称，被誉为“北上海”。
5、海安，江苏省县级市，由南通市代管，由“海水永不扬波”之意而得名，是一座滨江临海枢纽城市，“扬子江城市群”中的一员。地处江苏省中南部，位于南通、盐城、泰州三大市交界处。
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