A、基因突变的频率是很低的，即使有，也只会出现个别现象，而不会导致部分个体都出现红色性状，故A错误；
B、正常的减数分裂过程中，在减数第二次分裂时姐妹染色单体3与4就是自由分离的，这不会导致后代中部分表现为红色性状，故B错误；
C、减数第二次分裂时，即使非姐妹染色单体之间自由组合，带有缺失染色体的那个花粉还是不育的，后代也不会出现红色性状，故C错误；
D、在以该植株为父本，测交后代中部分表现为红色性状，最可能的原因是非姐妹染色单体之间是发生了交叉互换，可能是减数第一次分裂的前期同源染色体的非姐妹染色单体发生交叉互换，故D正确．
故选D．
