一、两者的特点不同：
1、FAT16的特点：磁盘分区最大只能到2GB。FAT16文件系统已不能适应当前这种大容量的硬盘，必须被迫分区成几个磁盘空间。
2、FAT32的特点：：在一个不超过8GB 的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大地减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。
二、两者的作用不同：
1、FAT16的作用：闪存设备使用12位FAT或16位FAT，数码相机和MP3播放器被设计成利用这种表结构进行读写。
随着4GB微硬盘逐渐进入实际应用，16位FAT将不能够满足这种硬盘的需求，因为16位FAT只能实现65,536个簇，对于最大的32K字节的簇而言只能提供最大2GB的容量。对于更大容量存储设备有两个解决方案，即将FAT增加到32位或者将驱动器分成多个区。
2、FAT32的作用：运用FAT32的分区格式后，可以将一个大硬盘定义成一个分区而不必分为几个分区使用，大大方便了对磁盘的管理。
但由于FAT32分区内无法存放大于4GB的单个文件，且性能不佳，易产生磁盘碎片。目前对于硬盘已被性能更优异的NTFS分区格式所取代，对于U盘已被支持大于4GB单文件的exFAT分区格式所取代。
三、两者的约束不同：
1、FAT16的约束：FAT16由于受到先天的限制，因此每超过一定容量的分区之后，所使用的簇大小就必须扩增，以适应更大的磁盘空间。所谓簇就是磁盘空间的配置单位，就象图书馆内一格一格的书架一样。每个要存到磁盘的文件都必须配置足够数量的簇，才能存放到磁盘中。
2、FAT32的约束：：当文件删除后写入新资料，FAT不会将档案整理成完整片段再写入，长期使用后会使档案资料变得逐渐分散，而减慢了读写速度。硬盘碎片整理是一种解决方法，但必须经常整理来保持FAT文件系统的效率。还有就是FAT32分区因为设计缺陷,无法支持超过4GB的单个文件。
参考资料来源：百度百科-FAT16
参考资料来源：百度百科-FAT32
